More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2393 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  100 
 
 
338 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  100 
 
 
338 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  55.42 
 
 
341 aa  360  2e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  55.86 
 
 
340 aa  352  7e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  55.12 
 
 
331 aa  343  2e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  51.81 
 
 
334 aa  324  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  50.9 
 
 
334 aa  316  4e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  49.1 
 
 
336 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  48.8 
 
 
336 aa  310  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.51 
 
 
339 aa  275  6e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  42.47 
 
 
338 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  42.34 
 
 
344 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  41.14 
 
 
336 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  40.12 
 
 
336 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  40.84 
 
 
338 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  40.84 
 
 
338 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  40.84 
 
 
336 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  40.84 
 
 
338 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  40.84 
 
 
338 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  40.84 
 
 
338 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  41.74 
 
 
344 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  42.04 
 
 
342 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  42.04 
 
 
342 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  42.34 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  34.05 
 
 
382 aa  188  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  35.14 
 
 
338 aa  183  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  35.14 
 
 
338 aa  183  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 
341 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  34.05 
 
 
336 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  34.34 
 
 
340 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 
342 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 
337 aa  169  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  31.53 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  31.01 
 
 
391 aa  162  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  33.43 
 
 
340 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 
344 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 
346 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  31.36 
 
 
354 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  32.53 
 
 
342 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 
339 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  30.9 
 
 
347 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 
347 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  31.56 
 
 
345 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.14 
 
 
333 aa  146  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  32.05 
 
 
356 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 
345 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  31.58 
 
 
439 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  29.94 
 
 
343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  31.43 
 
 
339 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  30.11 
 
 
341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  29.53 
 
 
362 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.66 
 
 
349 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  30.03 
 
 
337 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  30.25 
 
 
338 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  27.24 
 
 
338 aa  132  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  29.23 
 
 
343 aa  132  9e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  29.23 
 
 
343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 
337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  28.87 
 
 
343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  28.52 
 
 
343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  29.43 
 
 
339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  27.52 
 
 
340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  28.52 
 
 
340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  28.87 
 
 
343 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  28.87 
 
 
340 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  28.87 
 
 
343 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  28.87 
 
 
343 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  30.87 
 
 
339 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  28.21 
 
 
340 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  28.57 
 
 
342 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  25.23 
 
 
341 aa  129  6e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 
344 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  26.49 
 
 
337 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  28.52 
 
 
343 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.06 
 
 
336 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 
353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.32 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.7 
 
 
335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 
335 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  27.81 
 
 
346 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.45 
 
 
349 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  27.63 
 
 
346 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.16 
 
 
341 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  30.54 
 
 
339 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.16 
 
 
341 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  28.16 
 
 
341 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.16 
 
 
341 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2398  transcriptional regulator LacI family  29.22 
 
 
349 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  28.16 
 
 
341 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  27.84 
 
 
351 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.16 
 
 
341 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.16 
 
 
341 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.16 
 
 
343 aa  124  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.64 
 
 
342 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.16 
 
 
343 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.77 
 
 
335 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.38 
 
 
335 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  28.08 
 
 
339 aa  123  4e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.25 
 
 
330 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>