115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2250 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 
338 aa  702  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.15088e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  49.55 
 
 
341 aa  321  1e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.98353e-06  hitchhiker  6.25111e-14 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  49.25 
 
 
359 aa  318  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  48.38 
 
 
338 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  48.08 
 
 
338 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.2973e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  48.21 
 
 
342 aa  309  4e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.31464e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  45.56 
 
 
338 aa  309  4e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2355  phage integrase family site specific recombinase  48.64 
 
 
334 aa  308  6e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  45.65 
 
 
339 aa  306  4e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  45.92 
 
 
329 aa  292  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  49.23 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.35069e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  33.84 
 
 
324 aa  159  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  33.73 
 
 
326 aa  125  8e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0995  integrase protein  48.89 
 
 
147 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.61367e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3920  phage integrase, putative  29.89 
 
 
349 aa  114  2e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0894  phage-related integrase  30.72 
 
 
339 aa  110  4e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1275  integrase family protein  30.38 
 
 
339 aa  109  6e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1340  phage-related integrase  30.69 
 
 
339 aa  108  9e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  30.72 
 
 
339 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  29.84 
 
 
325 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  30.72 
 
 
339 aa  107  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1083  integrase family protein  29.9 
 
 
339 aa  106  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000439188  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0376  integrase family protein  29.69 
 
 
339 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1212  integrase family protein  29.69 
 
 
339 aa  104  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.225164  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  26.42 
 
 
368 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0808  integrase family protein  29.21 
 
 
339 aa  101  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.22 
 
 
344 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.56 
 
 
344 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3110  putative phage integrase  30.71 
 
 
350 aa  89.7  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  3.37156e-05  decreased coverage  1.74724e-05 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3987  phage integrase family site specific recombinase  31.44 
 
 
319 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00618755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0555  hypothetical protein  29.47 
 
 
371 aa  85.9  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.178247  normal  0.46728 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  27.41 
 
 
349 aa  85.9  1e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04071  site-specific recombinase, phage integrase family  24.13 
 
 
424 aa  83.6  4e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0594853  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  27.2 
 
 
349 aa  82.8  7e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1927  integrase family protein  29.64 
 
 
350 aa  82.4  1e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  26.05 
 
 
373 aa  77  4e-13  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4708  integrase family protein  24.01 
 
 
342 aa  77  4e-13  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.014031  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  25.24 
 
 
360 aa  77  4e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01326  site-specific recombinase, phage integrase family  23.17 
 
 
342 aa  76.3  7e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0890687  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3913  phage integrase family protein  24.66 
 
 
387 aa  73.2  6e-12  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126543  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0631  phage-related integrase  22.96 
 
 
390 aa  71.2  2e-11  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000108359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1139  phage-related integrase  23.27 
 
 
397 aa  71.6  2e-11  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  25.29 
 
 
360 aa  70.9  3e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2415  phage integrase family site specific recombinase  29.36 
 
 
270 aa  68.6  1e-10  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1655  phage integrase family protein  22.83 
 
 
366 aa  68.9  1e-10  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  8.80499e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  25.6 
 
 
383 aa  66.2  7e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  26.32 
 
 
397 aa  62.8  9e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  25.38 
 
 
344 aa  60.8  3e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1490  phage integrase family site specific recombinase  28.31 
 
 
270 aa  60.5  4e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  26.76 
 
 
351 aa  60.5  4e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1686  phage integrase family site specific recombinase  28.31 
 
 
270 aa  60.5  4e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2648  phage integrase family protein  29.21 
 
 
182 aa  59.7  6e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  23.55 
 
 
345 aa  58.9  1e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  25.18 
 
 
335 aa  57.8  3e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  25.81 
 
 
341 aa  57.8  3e-07  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  25.61 
 
 
388 aa  57.4  3e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0310  phage integrase family site specific recombinase  27.91 
 
 
228 aa  57.4  4e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0342  phage integrase family site specific recombinase  27.91 
 
 
228 aa  57.4  4e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6332  integrase family protein  25.09 
 
 
423 aa  57  5e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  23.46 
 
 
311 aa  57  5e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  25.26 
 
 
411 aa  56.6  7e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  23.4 
 
 
361 aa  55.8  1e-06  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  29.17 
 
 
340 aa  54.3  3e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  24.73 
 
 
337 aa  54.3  3e-06  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  22.92 
 
 
307 aa  54.3  3e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  27.02 
 
 
387 aa  52.4  1e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  25 
 
 
346 aa  52.4  1e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5393  integrase family protein  23.53 
 
 
304 aa  52  1e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  23.62 
 
 
376 aa  52  1e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  23.62 
 
 
376 aa  51.6  2e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  26.3 
 
 
375 aa  51.6  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1248  phage integrase family protein  26.09 
 
 
372 aa  51.6  2e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0661784  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  23.62 
 
 
376 aa  51.2  3e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  23.12 
 
 
376 aa  50.8  3e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1503  phage integrase family protein  26.09 
 
 
372 aa  50.4  4e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.279125  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1734  phage integrase family protein  23.61 
 
 
356 aa  50.4  4e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.155047 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  23.72 
 
 
353 aa  50.1  5e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  25.95 
 
 
354 aa  50.1  5e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  25.95 
 
 
354 aa  50.1  5e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  26.84 
 
 
250 aa  50.1  6e-05  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  28.37 
 
 
388 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  24.58 
 
 
347 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  28.57 
 
 
417 aa  48.1  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  25.68 
 
 
393 aa  47.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  31.25 
 
 
295 aa  47.8  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  24.32 
 
 
356 aa  47  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  22.62 
 
 
356 aa  47  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  28.51 
 
 
374 aa  47.4  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  28.81 
 
 
374 aa  47  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  24.32 
 
 
356 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  26.14 
 
 
337 aa  47  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  30.77 
 
 
396 aa  47  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  30.43 
 
 
482 aa  45.8  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  25.51 
 
 
413 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  24.65 
 
 
395 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  22.58 
 
 
400 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  22.58 
 
 
400 aa  44.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  29.02 
 
 
374 aa  44.7  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  28.66 
 
 
402 aa  44.3  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  27.72 
 
 
412 aa  44.3  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>