More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1999 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 239 aa  495  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 239 aa  495  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 239 aa  495  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  86.19 
 
 		 239 aa  440  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  83.26 
 
 		 239 aa  425  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  83.26 
 
 		 239 aa  424  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  81.7 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  81.7 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  81.7 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  81.7 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  81.7 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  82.13 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  80.33 
 
 		 239 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  79.5 
 
 		 239 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  79.57 
 
 		 239 aa  400  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  63.14 
 
 		 240 aa  322  3e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  63.56 
 
 		 236 aa  321  8e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  62.13 
 
 		 241 aa  315  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  61.86 
 
 		 241 aa  314  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  61.86 
 
 		 240 aa  314  9e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  61.02 
 
 		 236 aa  313  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  61.7 
 
 		 239 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  61.02 
 
 		 237 aa  312  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  60.5 
 
 		 239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  61.7 
 
 		 241 aa  311  3.9999999999999997e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  61.02 
 
 		 238 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  60.08 
 
 		 239 aa  309  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  59.75 
 
 		 238 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  59.75 
 
 		 238 aa  308  4e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  59.75 
 
 		 238 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  59.75 
 
 		 238 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  54.35 
 
 		 279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  53.26 
 
 		 279 aa  285  4e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  53.99 
 
 		 279 aa  285  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  53.43 
 
 		 280 aa  282  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  57.21 
 
 		 253 aa  279  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  56.14 
 
 		 249 aa  278  6e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  55.02 
 
 		 249 aa  276  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  48.09 
 
 		 239 aa  245  4e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  46.19 
 
 		 236 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  39.73 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  37.39 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  34.24 
 
 		 227 aa  122  4e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  31.72 
 
 		 233 aa  115  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  31.72 
 
 		 233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  33.74 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  28.31 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  28.4 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  31.36 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  29.84 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  28.3 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  32.21 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  32.21 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  32.21 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  32.21 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  32.21 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  42.67 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  27.07 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  27.07 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  27.07 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  28.75 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  27.07 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  27.07 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  27.07 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  27.07 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  27.07 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  27.07 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  27.66 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  24 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  26.79 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  30.2 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  26.78 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  29.33 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  26.34 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  26.34 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  26.34 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  26.34 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  25.81 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4787  GntR domain protein  25.47 
 
 		 249 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  34.97 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  26.36 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  26.52 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>