More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1515 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  78.59 
 
 
481 aa  760    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  79.13 
 
 
476 aa  756    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  76.01 
 
 
536 aa  818    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  76.01 
 
 
536 aa  818    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  78.59 
 
 
481 aa  760    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  99.82 
 
 
548 aa  1105    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  78.59 
 
 
481 aa  760    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  76.01 
 
 
536 aa  816    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  100 
 
 
548 aa  1106    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  76.2 
 
 
536 aa  819    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  64.2 
 
 
532 aa  694    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  99.64 
 
 
548 aa  1104    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  46.29 
 
 
548 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  33.82 
 
 
632 aa  330  6e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  33.6 
 
 
650 aa  317  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  33.2 
 
 
650 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  33.81 
 
 
593 aa  313  5.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  31.7 
 
 
586 aa  308  1.0000000000000001e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  34.72 
 
 
540 aa  308  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  34.72 
 
 
540 aa  308  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  29.88 
 
 
584 aa  298  2e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  34.02 
 
 
540 aa  294  2e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  32.51 
 
 
542 aa  291  2e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  28.65 
 
 
532 aa  288  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  29.47 
 
 
527 aa  264  4e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.58 
 
 
508 aa  261  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.14 
 
 
507 aa  253  9.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  29.74 
 
 
525 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  30.31 
 
 
490 aa  238  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  30.28 
 
 
523 aa  229  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.22 
 
 
505 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.22 
 
 
505 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.22 
 
 
505 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.22 
 
 
505 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.22 
 
 
505 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.77 
 
 
504 aa  227  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  26.77 
 
 
504 aa  227  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.77 
 
 
504 aa  227  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.77 
 
 
504 aa  227  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.77 
 
 
504 aa  227  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.77 
 
 
504 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  26.77 
 
 
504 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  30.08 
 
 
514 aa  224  3e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.37 
 
 
504 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  27.64 
 
 
551 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  27.2 
 
 
513 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  29.25 
 
 
550 aa  219  7e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  30.1 
 
 
544 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  28.88 
 
 
530 aa  211  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  30.14 
 
 
503 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  27.95 
 
 
606 aa  211  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  27.83 
 
 
520 aa  211  3e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  27.83 
 
 
520 aa  211  3e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  32 
 
 
508 aa  209  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  25.88 
 
 
542 aa  209  1e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  29.37 
 
 
498 aa  207  3e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  30.32 
 
 
573 aa  207  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  26.94 
 
 
542 aa  207  4e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  28.19 
 
 
606 aa  204  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  28.08 
 
 
525 aa  204  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  26.57 
 
 
522 aa  204  5e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  30.39 
 
 
711 aa  202  9e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  30.04 
 
 
600 aa  202  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  31.24 
 
 
531 aa  202  9.999999999999999e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2025  choline/carnitine/betaine transporter  31.11 
 
 
533 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  29.03 
 
 
558 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  31.67 
 
 
525 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  27.29 
 
 
494 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  27.9 
 
 
541 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  30.51 
 
 
665 aa  201  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  27.43 
 
 
504 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  29.8 
 
 
667 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  30.06 
 
 
667 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  27.43 
 
 
505 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  28.08 
 
 
681 aa  198  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  27.43 
 
 
505 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  29.94 
 
 
667 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  28.12 
 
 
548 aa  197  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  28.12 
 
 
548 aa  197  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  30.06 
 
 
667 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  27.21 
 
 
505 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  27.21 
 
 
505 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  27.21 
 
 
505 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  27.21 
 
 
505 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  27.21 
 
 
505 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  27.21 
 
 
504 aa  195  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  27.21 
 
 
504 aa  195  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  27.92 
 
 
577 aa  194  5e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  25.23 
 
 
519 aa  192  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  28.88 
 
 
506 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  29.53 
 
 
516 aa  192  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  26.84 
 
 
657 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  29.74 
 
 
516 aa  192  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  30.04 
 
 
532 aa  192  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2888  BCCT transporter  27.78 
 
 
555 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.696836  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  29.74 
 
 
516 aa  192  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  28.34 
 
 
659 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  27.47 
 
 
505 aa  190  5e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  29.53 
 
 
516 aa  190  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  29.53 
 
 
516 aa  190  5.999999999999999e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
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