More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1313 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  100 
 
 
227 aa  458  1e-128  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.18695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  97.8 
 
 
227 aa  449  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.94292e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  97.8 
 
 
227 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  85.02 
 
 
226 aa  384  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.97 
 
 
226 aa  367  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  4.23816e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.97 
 
 
226 aa  363  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.65 
 
 
226 aa  354  7e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.09 
 
 
232 aa  352  2e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52 
 
 
226 aa  235  5e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 
230 aa  226  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
233 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  51.54 
 
 
249 aa  225  5e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 
230 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  48.89 
 
 
246 aa  221  6e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  47.11 
 
 
228 aa  220  1e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  49.1 
 
 
226 aa  220  1e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  49.1 
 
 
226 aa  219  2e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
253 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
233 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.78 
 
 
229 aa  212  4e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
231 aa  212  5e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  45.13 
 
 
231 aa  211  7e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  2.1656e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 
230 aa  208  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 
228 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 
235 aa  206  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  46.48 
 
 
236 aa  205  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  2.68904e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 
244 aa  204  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 
228 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 
232 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  5.61273e-12 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  46.19 
 
 
229 aa  199  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 
222 aa  196  4e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  45.29 
 
 
238 aa  195  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  43.95 
 
 
247 aa  194  8e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 
239 aa  193  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.97 
 
 
278 aa  192  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 
245 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 
234 aa  188  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 
234 aa  188  7e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  43.69 
 
 
228 aa  186  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.667e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 
228 aa  182  5e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.91425e-06  unclonable  2.08218e-12 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 
235 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 
241 aa  179  3e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  42.6 
 
 
229 aa  179  3e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  42.79 
 
 
229 aa  178  6e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.72967e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 
231 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 
234 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 
230 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.41 
 
 
228 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 
262 aa  175  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 
225 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  1.10419e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  44.44 
 
 
227 aa  174  9e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  2.88823e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
225 aa  174  1e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  42.48 
 
 
240 aa  173  2e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 
229 aa  173  2e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.67 
 
 
232 aa  173  2e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
225 aa  173  2e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  2.77452e-10 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 
225 aa  173  2e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 
237 aa  172  3e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 
234 aa  172  3e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 
230 aa  172  3e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 
236 aa  172  4e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 
241 aa  172  4e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 
227 aa  172  4e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.56729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 
240 aa  172  4e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  41.96 
 
 
225 aa  172  4e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 
225 aa  172  4e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2740  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
231 aa  172  4e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.307567  normal  0.0284463 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.22 
 
 
232 aa  172  4e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  41.59 
 
 
240 aa  171  7e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.44 
 
 
232 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.61 
 
 
232 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 
238 aa  170  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.61 
 
 
232 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.61 
 
 
232 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.61 
 
 
232 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  8.17459e-08 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.61 
 
 
232 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.67 
 
 
232 aa  169  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  2.52632e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  41.59 
 
 
239 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  41.59 
 
 
227 aa  169  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  41.59 
 
 
239 aa  169  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  41.59 
 
 
239 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  41.59 
 
 
239 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.550003 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 
237 aa  169  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  41.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  41.59 
 
 
239 aa  169  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 
247 aa  169  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  41.59 
 
 
239 aa  169  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>