More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1255 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.87 
 
 		 375 aa  654    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.87 
 
 		 375 aa  654    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  99.73 
 
 		 375 aa  778    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  80.8 
 
 		 375 aa  650    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.87 
 
 		 375 aa  654    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  82.4 
 
 		 375 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  82.4 
 
 		 375 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  82.4 
 
 		 375 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.8 
 
 		 375 aa  672    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.6 
 
 		 375 aa  652    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  99.73 
 
 		 375 aa  778    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.6 
 
 		 375 aa  652    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 		 375 aa  780    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.8 
 
 		 375 aa  681    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  85.87 
 
 		 375 aa  685    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  82.4 
 
 		 375 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.53 
 
 		 375 aa  683    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  82.67 
 
 		 375 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.87 
 
 		 375 aa  654    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  81.87 
 
 		 375 aa  654    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  85.07 
 
 		 375 aa  667    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.87 
 
 		 375 aa  654    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.87 
 
 		 375 aa  654    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.78 
 
 		 382 aa  509  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.34 
 
 		 378 aa  510  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1734  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.44 
 
 		 377 aa  510  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  65.24 
 
 		 378 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.97 
 
 		 377 aa  506  9.999999999999999e-143  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.73 
 
 		 377 aa  501  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.81 
 
 		 381 aa  501  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.81 
 
 		 381 aa  501  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.81 
 
 		 381 aa  501  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.54 
 
 		 384 aa  498  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.81 
 
 		 382 aa  499  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2123  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.73 
 
 		 379 aa  499  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.3 
 
 		 377 aa  497  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1992  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.67 
 
 		 380 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000000073122 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 		 380 aa  491  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.93 
 
 		 380 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2367  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.67 
 
 		 380 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0319493  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.83 
 
 		 376 aa  489  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.67 
 
 		 380 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.03 
 
 		 376 aa  488  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.81 
 
 		 375 aa  484  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.95 
 
 		 381 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.8 
 
 		 376 aa  478  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 		 376 aa  481  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.48 
 
 		 376 aa  477  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.02 
 
 		 378 aa  478  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.27 
 
 		 383 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.73 
 
 		 376 aa  468  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.1 
 
 		 386 aa  467  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.86 
 
 		 383 aa  462  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.63 
 
 		 396 aa  458  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.96869  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.84 
 
 		 375 aa  458  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.72 
 
 		 377 aa  457  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.4 
 
 		 378 aa  457  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.43 
 
 		 376 aa  454  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.12 
 
 		 376 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3179  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.07 
 
 		 399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0449668  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1331  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.27 
 
 		 383 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0263045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.23 
 
 		 383 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.97 
 
 		 383 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.95 
 
 		 383 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  0.131095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.03 
 
 		 382 aa  451  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1130  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.68 
 
 		 383 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.07 
 
 		 401 aa  448  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.95 
 
 		 383 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4199  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.95 
 
 		 383 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0319412  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.03 
 
 		 382 aa  451  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.03 
 
 		 385 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1088  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.74 
 
 		 383 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0935088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.05 
 
 		 380 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.53 
 
 		 379 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.47 
 
 		 391 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.72 
 
 		 378 aa  439  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.78 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.78 
 
 		 379 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.93 
 
 		 383 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.78 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.85 
 
 		 379 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.67 
 
 		 383 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.78 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.78 
 
 		 379 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.78 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1810  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.25 
 
 		 406 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.834903 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.68 
 
 		 377 aa  435  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.95 
 
 		 386 aa  435  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.99 
 
 		 407 aa  437  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.25 
 
 		 407 aa  435  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.24 
 
 		 379 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.8 
 
 		 392 aa  431  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.42 
 
 		 378 aa  433  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.25 
 
 		 425 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.28 
 
 		 383 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.82 
 
 		 386 aa  430  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.45 
 
 		 379 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.35 
 
 		 391 aa  428  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.43 
 
 		 402 aa  431  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2032  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.71 
 
 		 379 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>