49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1098 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_1151  replication initiation regulator SeqA  99.43 
 
 
175 aa  363  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  1.55499e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1098  replication initiation regulator SeqA  100 
 
 
175 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.2385e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3573  replication initiation regulator SeqA  99.43 
 
 
175 aa  362  1e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.51085e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1211  replication initiation regulator SeqA  81.56 
 
 
178 aa  302  2e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  7.26719e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1240  replication initiation regulator SeqA  80.45 
 
 
179 aa  300  7e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.3221e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3120  replication initiation regulator SeqA  80.45 
 
 
178 aa  298  3e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000215829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2934  SeqA family protein  73.18 
 
 
179 aa  271  3e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1122  SeqA family protein  73.22 
 
 
176 aa  271  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43168  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2969  replication initiation regulator SeqA  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.42813e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0709  replication initiation regulator SeqA  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.01923e-08  normal  0.345137 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0734  replication initiation regulator SeqA  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.42631e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0715  replication initiation regulator SeqA  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.19377e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0563  replication initiation regulator SeqA  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  9.8349e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00644  regulatory protein for replication initiation  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  3.70073e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2950  SeqA family protein  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.58236e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00635  hypothetical protein  73.08 
 
 
181 aa  270  5e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  2.05585e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0782  replication initiation regulator SeqA  73.08 
 
 
181 aa  270  7e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  7.36728e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1202  replication initiation regulator SeqA  72.78 
 
 
228 aa  265  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  4.02071e-08  hitchhiker  0.000209881 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0757  replication initiation regulator SeqA  70.56 
 
 
180 aa  262  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  1.79202e-05  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0805  replication initiation regulator SeqA  70.56 
 
 
180 aa  262  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  1.54437e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0744  replication initiation regulator SeqA  70.56 
 
 
180 aa  262  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  2.88551e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0854  replication initiation regulator SeqA  70.56 
 
 
180 aa  262  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  2.7023e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0818  replication initiation regulator SeqA  70.56 
 
 
180 aa  262  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  5.43337e-05  normal  0.225006 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0838  replication initiation regulator SeqA  56.91 
 
 
180 aa  201  4e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01344  replication initiation regulator SeqA  53.3 
 
 
180 aa  197  9e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004121  SeqA protein  52.49 
 
 
180 aa  194  5e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  4.87396e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1682  replication initiation regulator SeqA  53.07 
 
 
177 aa  186  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  7.81212e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1208  replication initiation regulator SeqA  45.18 
 
 
204 aa  162  2e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1580  replication initiation regulator SeqA  38.07 
 
 
200 aa  125  4e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2199  negative regulator of replication initiation  39.89 
 
 
174 aa  121  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4512  replication initiation regulator SeqA  41.42 
 
 
180 aa  121  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2226  replication initiation regulator SeqA  41.42 
 
 
180 aa  121  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.94643e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2055  replication initiation regulator SeqA  39.53 
 
 
202 aa  116  2e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.241153  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2239  replication initiation regulator SeqA  38.46 
 
 
180 aa  113  1e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.11816e-07  hitchhiker  6.29682e-10 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2195  replication initiation regulator SeqA  38.46 
 
 
180 aa  113  1e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.19176e-08  unclonable  3.65361e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2145  replication initiation regulator SeqA  38.46 
 
 
180 aa  113  1e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.24209e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0878  regulatory protein for replication initiation in SeqA family protein  29.95 
 
 
207 aa  109  2e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553189  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2333  replication initiation regulator SeqA  37.2 
 
 
180 aa  109  2e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0410571  hitchhiker  0.000239725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2335  replication initiation regulator SeqA  35.91 
 
 
183 aa  109  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2032  replication initiation regulator SeqA  38.37 
 
 
183 aa  108  4e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000189513  hitchhiker  0.000121556 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2135  replication initiation regulator SeqA  40.7 
 
 
183 aa  108  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00104581  decreased coverage  7.41326e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1943  replication initiation regulator SeqA  34.81 
 
 
183 aa  107  8e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000703292  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2274  replication initiation regulator SeqA  36.81 
 
 
179 aa  107  8e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00129565  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1921  replication initiation regulator SeqA  33.33 
 
 
176 aa  106  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.585982  unclonable  2.06071e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1914  replication initiation regulator SeqA  32.81 
 
 
208 aa  105  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000265727  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1705  replication initiation regulator SeqA  33.88 
 
 
191 aa  103  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0028436  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1881  replication initiation regulator SeqA  34.44 
 
 
185 aa  96.7  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000742914  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02554  SeqA protein  33.64 
 
 
272 aa  91.7  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0871258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1986  replication initiation regulator SeqA  32.76 
 
 
253 aa  58.9  3e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>