274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0811 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3334  ornithine decarboxylase  70.83 
 
 
720 aa  1094  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3975  ornithine decarboxylase  70.69 
 
 
720 aa  1097  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4358  ornithine decarboxylase  60.08 
 
 
739 aa  924  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1157  ornithine decarboxylase  59.64 
 
 
753 aa  911  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00332446  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3289  ornithine decarboxylase  71.88 
 
 
711 aa  1088  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00321092 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5195  ornithine decarboxylase  48.7 
 
 
787 aa  700  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208108  normal  0.398466 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0858  ornithine decarboxylase  69.78 
 
 
732 aa  1073  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4053  ornithine decarboxylase  70.83 
 
 
720 aa  1098  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0811  ornithine decarboxylase  100 
 
 
720 aa  1505  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04833  ornithine decarboxylase  64.63 
 
 
726 aa  942  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3458  ornithine decarboxylase  72.42 
 
 
711 aa  1089  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829522  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3355  ornithine decarboxylase  72.28 
 
 
711 aa  1086  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.86478 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3126  ornithine decarboxylase  72.98 
 
 
711 aa  1112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0718  ornithine decarboxylase  70.19 
 
 
735 aa  1076  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.76053e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4171  ornithine decarboxylase  70.69 
 
 
720 aa  1097  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0179  ornithine decarboxylase  72.08 
 
 
720 aa  1107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3679  ornithine decarboxylase  71.11 
 
 
720 aa  1103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0809  ornithine decarboxylase  69.78 
 
 
732 aa  1073  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3871  ornithine decarboxylase  71.53 
 
 
720 aa  1107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0955234 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3278  ornithine decarboxylase  72.42 
 
 
711 aa  1091  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4008  ornithine decarboxylase  60.08 
 
 
739 aa  924  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1066  ornithine decarboxylase  62.43 
 
 
730 aa  955  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4084  ornithine decarboxylase  70.69 
 
 
720 aa  1097  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0748  ornithine decarboxylase  69.78 
 
 
732 aa  1073  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0785  ornithine decarboxylase  70.19 
 
 
735 aa  1075  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4269  ornithine decarboxylase  73.26 
 
 
711 aa  1114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783257  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0278  ornithine decarboxylase  71.53 
 
 
720 aa  1107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3667  ornithine decarboxylase  71.53 
 
 
720 aa  1107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1205  ornithine decarboxylase  68.19 
 
 
742 aa  1053  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  5.4905e-05 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1573  ornithine decarboxylase  67.36 
 
 
719 aa  1050  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3380  ornithine decarboxylase  73.26 
 
 
711 aa  1113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961325  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3311  ornithine decarboxylase  72.84 
 
 
711 aa  1110  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3033  ornithine decarboxylase  73.71 
 
 
717 aa  1102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00641  hypothetical protein  69.92 
 
 
732 aa  1069  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.94656  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3210  ornithine decarboxylase  74.03 
 
 
717 aa  1107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0872  ornithine decarboxylase  73.61 
 
 
717 aa  1085  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.507937  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3418  ornithine decarboxylase  73.61 
 
 
717 aa  1085  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18204  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0314  ornithine decarboxylase  71.53 
 
 
720 aa  1105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2963  ornithine decarboxylase  70.06 
 
 
732 aa  1073  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.988103  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0715  ornithine decarboxylase  69.92 
 
 
732 aa  1073  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139092  normal  0.847041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3109  ornithine decarboxylase  73.12 
 
 
711 aa  1113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.015732 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0811  ornithine decarboxylase  100 
 
 
720 aa  1505  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.901366  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3515  ornithine decarboxylase  60.36 
 
 
726 aa  927  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.207065 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001092  ornithine decarboxylase  64.61 
 
 
715 aa  949  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2944  Ornithine decarboxylase  69.92 
 
 
732 aa  1071  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0730  Ornithine decarboxylase  72.84 
 
 
711 aa  1109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6445  ornithine decarboxylase  49.18 
 
 
787 aa  704  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.621476  normal  0.414615 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02795  ornithine decarboxylase, constitutive  73.12 
 
 
711 aa  1112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0111619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00649  ornithine decarboxylase isozyme, inducible  69.92 
 
 
732 aa  1069  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889551  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0749  ornithine decarboxylase  72.84 
 
 
711 aa  1109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0757526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0822  ornithine decarboxylase  69.78 
 
 
732 aa  1073  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2075  ornithine decarboxylase  60.22 
 
 
726 aa  927  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.29642  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0159  ornithine decarboxylase  99.44 
 
 
720 aa  1497  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  1.71989e-05 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0509  ornithine decarboxylase  74.65 
 
 
723 aa  1167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02758  hypothetical protein  73.12 
 
 
711 aa  1112  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00836669  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0761  ornithine decarboxylase  69.78 
 
 
732 aa  1073  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4047  ornithine decarboxylase  82.22 
 
 
720 aa  1241  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.388924  normal  0.452479 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3363  ornithine decarboxylase  72.14 
 
 
711 aa  1083  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.661844 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3377  ornithine decarboxylase protein  43.23 
 
 
785 aa  597  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0993  ornithine decarboxylase  43.8 
 
 
781 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.683317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0934  Ornithine decarboxylase  43.84 
 
 
785 aa  595  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.839278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0956  Ornithine decarboxylase  43.8 
 
 
781 aa  594  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.790787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0286  Orn/Lys/Arg decarboxylase major region  43.47 
 
 
786 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134594  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3132  ornithine decarboxylase  43.16 
 
 
785 aa  589  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297887  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1881  arginine/lysine/ornithine decarboxylase  41.83 
 
 
699 aa  587  1e-166  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  7.41442e-11 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0640  ornithine decarboxylase  42.38 
 
 
785 aa  585  1e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4404  ornithine decarboxylase  43.75 
 
 
781 aa  582  1e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.155721 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0745  ornithine decarboxylase  43.99 
 
 
778 aa  582  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2341  Ornithine decarboxylase  41.96 
 
 
785 aa  581  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.788512  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0928  ornithine decarboxylase  42.24 
 
 
785 aa  571  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.335055  normal  0.352812 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0224  Ornithine decarboxylase  41.55 
 
 
779 aa  566  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.514878 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  37.82 
 
 
762 aa  411  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  35.51 
 
 
769 aa  394  1e-108  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  33.85 
 
 
767 aa  392  1e-107  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  35.88 
 
 
751 aa  385  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  35.98 
 
 
751 aa  382  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  35.49 
 
 
747 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  36.01 
 
 
749 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  35.02 
 
 
749 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  33.66 
 
 
751 aa  363  4e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0779  arginine decarboxylase  32.56 
 
 
779 aa  362  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0975108  normal  0.0520497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  34.86 
 
 
757 aa  359  1e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3701  lysine decarboxylase  32.8 
 
 
780 aa  359  1e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0757971  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  32.93 
 
 
757 aa  358  3e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  33.94 
 
 
754 aa  357  3e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29580  Ornithine/lysine/arginine decarboxylase  34.64 
 
 
746 aa  354  3e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  353  5e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4861  lysine decarboxylase  33.08 
 
 
779 aa  353  8e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112463  hitchhiker  0.00183644 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  31.32 
 
 
742 aa  353  9e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  33.18 
 
 
759 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4345  lysine decarboxylase  32.93 
 
 
779 aa  352  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.913675  hitchhiker  0.000705117 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1009  lysine decarboxylase  33.55 
 
 
626 aa  350  6e-95  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.187258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4614  biodegradative arginine decarboxylase  30.25 
 
 
756 aa  350  6e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  32.83 
 
 
759 aa  349  8e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0762291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>