More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0374 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1221  cold shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0374  cold shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1220  cold shock DNA-binding domain-containing protein  98.57 
 
 		 70 aa  141  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0444  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  98.57 
 
 		 70 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0442  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  98.57 
 
 		 70 aa  140  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0376  cold shock DNA-binding domain-containing protein  97.14 
 
 		 70 aa  139  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0443  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.14 
 
 		 70 aa  139  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  95.71 
 
 		 70 aa  136  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  90 
 
 		 70 aa  133  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  90 
 
 		 70 aa  133  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  90 
 
 		 70 aa  133  9e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  91.43 
 
 		 70 aa  131  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  90 
 
 		 70 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  90 
 
 		 70 aa  129  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  88.57 
 
 		 70 aa  129  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2061  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.14 
 
 		 70 aa  128  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  88.57 
 
 		 70 aa  128  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2092  cold-shock DNA-binding domain protein  84.29 
 
 		 70 aa  121  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2085  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.29 
 
 		 70 aa  121  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1642  cold shock DNA-binding protein  84.29 
 
 		 71 aa  121  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000478552  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  78.57 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  81.43 
 
 		 70 aa  117  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  80.88 
 
 		 71 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  79.41 
 
 		 71 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  78.57 
 
 		 70 aa  113  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 71 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.57 
 
 		 70 aa  113  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  77.14 
 
 		 70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.14 
 
 		 70 aa  111  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  77.14 
 
 		 70 aa  110  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  77.61 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  76.47 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  76.12 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  76.12 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  76.12 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  76.12 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  73.53 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  73.53 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  73.53 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 		 70 aa  96.7  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  65.71 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  64.29 
 
 		 70 aa  93.6  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>