120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0279 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 162 aa  339  1e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 161 aa  337  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  99.38 
 
 		 162 aa  336  9.999999999999999e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 		 162 aa  259  8.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  72.67 
 
 		 162 aa  258  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  70.81 
 
 		 162 aa  258  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  70.19 
 
 		 162 aa  247  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  68.32 
 
 		 162 aa  243  6e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  233  9e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  62.73 
 
 		 162 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  62.73 
 
 		 162 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  62.73 
 
 		 162 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  62.73 
 
 		 162 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  62.11 
 
 		 162 aa  228  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  64.2 
 
 		 163 aa  223  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  48.77 
 
 		 166 aa  155  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  48.12 
 
 		 166 aa  155  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  46.01 
 
 		 165 aa  153  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  45.62 
 
 		 165 aa  144  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  37.65 
 
 		 169 aa  112  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  35.67 
 
 		 177 aa  108  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  34.76 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  34.84 
 
 		 182 aa  103  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  38.56 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  35.57 
 
 		 178 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  36.18 
 
 		 170 aa  94.7  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  46.94 
 
 		 159 aa  94  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  34.87 
 
 		 167 aa  93.2  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  37.42 
 
 		 166 aa  91.3  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  36.84 
 
 		 170 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  33.12 
 
 		 167 aa  89  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  33.12 
 
 		 167 aa  88.6  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  31.06 
 
 		 175 aa  88.6  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  30.49 
 
 		 179 aa  88.2  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  36.25 
 
 		 166 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  36.25 
 
 		 166 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  33.94 
 
 		 173 aa  88.2  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  35.48 
 
 		 166 aa  87  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  35.62 
 
 		 168 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  35 
 
 		 168 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  33.55 
 
 		 168 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  33.55 
 
 		 168 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  32.67 
 
 		 168 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  35.14 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  34.46 
 
 		 153 aa  82  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  29.59 
 
 		 175 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  32 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  31.43 
 
 		 179 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.52 
 
 		 173 aa  57.4  0.00000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  28.92 
 
 		 168 aa  53.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0046  hypothetical protein  28.69 
 
 		 177 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152714  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  26.01 
 
 		 189 aa  51.2  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0040  hypothetical protein  34.88 
 
 		 177 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  26.14 
 
 		 187 aa  48.5  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  26.34 
 
 		 190 aa  47.8  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  25.38 
 
 		 207 aa  47.4  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0307  transcription antitermination protein nusG  26.32 
 
 		 180 aa  47.4  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000733893  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  24.36 
 
 		 184 aa  47.4  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  23.86 
 
 		 175 aa  47  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  25.43 
 
 		 183 aa  46.6  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  24.81 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  25.29 
 
 		 194 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  24.68 
 
 		 266 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25 
 
 		 188 aa  47  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2239  NusG antitermination factor  26.28 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000688878  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  25 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3558  NusG antitermination factor  25 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  23.73 
 
 		 179 aa  45.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  24.14 
 
 		 201 aa  45.8  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0909  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 262 aa  45.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.269153  normal  0.196956 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  25.19 
 
 		 212 aa  45.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  23.6 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  24.12 
 
 		 194 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  26.74 
 
 		 174 aa  45.1  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  25.44 
 
 		 280 aa  44.7  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  25.97 
 
 		 185 aa  44.7  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  19.43 
 
 		 243 aa  44.3  0.0007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  27.22 
 
 		 175 aa  43.9  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  21.25 
 
 		 184 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  23.03 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  23.6 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2062  transcription antitermination protein NusG  27.91 
 
 		 179 aa  43.5  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  21.79 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  25.93 
 
 		 277 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0202  NusG antitermination factor  27.12 
 
 		 175 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000100106  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  25.31 
 
 		 273 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21030  transcription antitermination protein nusG  25.73 
 
 		 296 aa  43.5  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0843287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  27.49 
 
 		 176 aa  43.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1103  NusG antitermination factor  25.14 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00324857  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  23.75 
 
 		 250 aa  42.7  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 173 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 173 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>