More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0115 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  100 
 
 		 342 aa  708    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  100 
 
 		 342 aa  708    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  85.04 
 
 		 342 aa  618  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.85 
 
 		 347 aa  532  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.05 
 
 		 347 aa  528  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  71.39 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  71.39 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  71.39 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.39 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.39 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.39 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.73 
 
 		 343 aa  519  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.73 
 
 		 343 aa  519  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.98 
 
 		 341 aa  519  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.5 
 
 		 341 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.5 
 
 		 341 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.5 
 
 		 341 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.5 
 
 		 341 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.5 
 
 		 341 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  72.26 
 
 		 330 aa  511  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70 
 
 		 356 aa  490  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  66.57 
 
 		 335 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  64.97 
 
 		 335 aa  484  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  66.17 
 
 		 335 aa  481  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  66.27 
 
 		 335 aa  483  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  67.35 
 
 		 356 aa  480  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0115  transcriptional repressor  99.13 
 
 		 238 aa  477  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.45 
 
 		 342 aa  296  5e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  42.94 
 
 		 337 aa  287  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  42.73 
 
 		 335 aa  275  8e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  43.2 
 
 		 332 aa  268  7e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  41.44 
 
 		 349 aa  263  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  41.52 
 
 		 334 aa  262  6.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.33 
 
 		 339 aa  260  2e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  42.09 
 
 		 335 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  41.95 
 
 		 352 aa  255  9e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 332 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  41.79 
 
 		 335 aa  249  5e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  39.76 
 
 		 335 aa  247  3e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  40.67 
 
 		 344 aa  246  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  39.64 
 
 		 337 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.94 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  40.24 
 
 		 334 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  38.84 
 
 		 331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  39.21 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 335 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  38.25 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.45 
 
 		 330 aa  239  5e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3813  transcriptional repressor  100 
 
 		 128 aa  238  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  38.53 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  37.08 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 335 aa  237  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.04 
 
 		 338 aa  236  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  38.6 
 
 		 332 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  38.6 
 
 		 332 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  40.24 
 
 		 359 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  37.46 
 
 		 331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.9 
 
 		 353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  233  5e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  38.3 
 
 		 332 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 		 338 aa  231  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  38.1 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.69 
 
 		 333 aa  230  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 348 aa  230  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 323 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  36.45 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.78 
 
 		 336 aa  229  6e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.05 
 
 		 339 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.88 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  36.56 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  36.78 
 
 		 343 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 		 343 aa  225  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  39.27 
 
 		 327 aa  225  1e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  36.72 
 
 		 338 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.52 
 
 		 338 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.19 
 
 		 346 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.09 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 343 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 343 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  36.25 
 
 		 336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  33.63 
 
 		 338 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  34.33 
 
 		 336 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 340 aa  215  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  34.08 
 
 		 336 aa  215  7e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 		 343 aa  215  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.53 
 
 		 333 aa  215  9e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  32.63 
 
 		 333 aa  215  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  35.4 
 
 		 341 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  35.54 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>