More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0042 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 
567 aa  1155    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  99.64 
 
 
558 aa  1133    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  99.82 
 
 
567 aa  1154    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  49.28 
 
 
563 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  48.85 
 
 
562 aa  553  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.65 
 
 
575 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.21 
 
 
560 aa  535  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.82 
 
 
562 aa  498  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.93 
 
 
561 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.74 
 
 
561 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.97 
 
 
560 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  43.79 
 
 
560 aa  495  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.97 
 
 
560 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.74 
 
 
561 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.64 
 
 
562 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  43.97 
 
 
560 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.15 
 
 
560 aa  498  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.74 
 
 
561 aa  495  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.56 
 
 
561 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.29 
 
 
577 aa  491  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  43.59 
 
 
561 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.08 
 
 
558 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.69 
 
 
561 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.13 
 
 
556 aa  457  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.34 
 
 
560 aa  453  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.54 
 
 
567 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.62 
 
 
566 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.25 
 
 
566 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.78 
 
 
562 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.1 
 
 
566 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.31 
 
 
629 aa  388  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  24.75 
 
 
684 aa  160  4e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  23.84 
 
 
671 aa  154  4e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 
665 aa  152  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  27.87 
 
 
678 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  25.04 
 
 
681 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  24.36 
 
 
667 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  24.36 
 
 
667 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  25.31 
 
 
663 aa  144  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  22.83 
 
 
675 aa  139  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  22.58 
 
 
699 aa  139  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  24.6 
 
 
673 aa  138  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4355  DNA ligase, NAD-dependent  24.59 
 
 
701 aa  138  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0664546 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  23.24 
 
 
685 aa  137  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  23.72 
 
 
675 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.81 
 
 
676 aa  137  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  23.76 
 
 
690 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  22.37 
 
 
670 aa  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  23.38 
 
 
683 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  23.1 
 
 
708 aa  134  3e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  23.1 
 
 
668 aa  135  3e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  24.66 
 
 
688 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  24.66 
 
 
688 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.09 
 
 
673 aa  134  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  21.82 
 
 
681 aa  134  6e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  22.49 
 
 
673 aa  134  6e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.83 
 
 
652 aa  133  6.999999999999999e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.14 
 
 
671 aa  133  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.14 
 
 
671 aa  133  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  23.42 
 
 
690 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.14 
 
 
671 aa  133  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.14 
 
 
671 aa  133  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.43 
 
 
670 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.14 
 
 
671 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.88 
 
 
670 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.88 
 
 
670 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  24.7 
 
 
674 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.88 
 
 
670 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  23.63 
 
 
677 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  23.85 
 
 
670 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0676  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.14 
 
 
738 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.759983  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  28.37 
 
 
684 aa  132  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.67 
 
 
669 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  24.66 
 
 
726 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  24.83 
 
 
684 aa  132  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2316  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.15 
 
 
774 aa  132  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.444372  normal  0.080689 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  23.86 
 
 
680 aa  132  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  23.92 
 
 
694 aa  132  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.55 
 
 
776 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  23.19 
 
 
671 aa  131  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  23.19 
 
 
671 aa  131  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.89 
 
 
645 aa  131  3e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  25 
 
 
695 aa  131  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.71 
 
 
671 aa  131  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.71 
 
 
671 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  23.71 
 
 
671 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.71 
 
 
671 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.71 
 
 
671 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.95 
 
 
671 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.28 
 
 
776 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3569  DNA ligase (NAD(+))  25.22 
 
 
696 aa  130  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.228058 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0689  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.71 
 
 
647 aa  130  7.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  22.94 
 
 
690 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  23.71 
 
 
671 aa  130  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  24.44 
 
 
668 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.71 
 
 
671 aa  130  8.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  24.52 
 
 
674 aa  130  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  25.31 
 
 
668 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  24.42 
 
 
662 aa  130  8.000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  24.11 
 
 
668 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>