More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A3999 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.88 
 
 
712 aa  906  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.88 
 
 
717 aa  661  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.92 
 
 
752 aa  765  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
705 aa  1425  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.1 
 
 
696 aa  881  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.94 
 
 
715 aa  917  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.5 
 
 
753 aa  914  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.71 
 
 
700 aa  1053  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.44924e-06  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.24 
 
 
711 aa  749  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 
721 aa  663  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.83556e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.66 
 
 
704 aa  1031  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.45882e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  91.49 
 
 
705 aa  1325  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.42 
 
 
704 aa  1029  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  7.12799e-06  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.32 
 
 
711 aa  1278  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.56 
 
 
700 aa  667  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.8 
 
 
701 aa  862  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181629  normal  0.111929 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.25 
 
 
716 aa  766  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.06 
 
 
715 aa  764  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.68 
 
 
700 aa  882  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.8 
 
 
714 aa  913  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.38 
 
 
722 aa  861  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1497  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.35 
 
 
767 aa  903  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00694451 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.82 
 
 
700 aa  883  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.5 
 
 
725 aa  769  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.79 
 
 
715 aa  915  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  2.89568e-05  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.3 
 
 
702 aa  1021  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  1.50136e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.25 
 
 
739 aa  763  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0725  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.8 
 
 
701 aa  864  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.959792  normal  0.0305384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.32 
 
 
711 aa  1277  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
705 aa  1425  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.32 
 
 
711 aa  1278  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.21 
 
 
710 aa  1083  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
698 aa  656  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.23 
 
 
720 aa  764  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.09 
 
 
717 aa  778  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.89 
 
 
696 aa  751  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.07 
 
 
712 aa  1095  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.96 
 
 
720 aa  635  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.14 
 
 
725 aa  862  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.92 
 
 
699 aa  1054  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.62505e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  87.73 
 
 
711 aa  1263  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.78 
 
 
740 aa  749  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.8 
 
 
722 aa  869  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.65 
 
 
740 aa  652  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.43 
 
 
700 aa  1051  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.90055e-06  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.04 
 
 
714 aa  788  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.86 
 
 
774 aa  719  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.09 
 
 
701 aa  867  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.1 
 
 
696 aa  881  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.94 
 
 
730 aa  781  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.29 
 
 
728 aa  774  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
705 aa  1425  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.33 
 
 
722 aa  703  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 
710 aa  668  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.6 
 
 
713 aa  793  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.86 
 
 
700 aa  1055  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.61182e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.86 
 
 
701 aa  892  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.94 
 
 
702 aa  841  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.35 
 
 
714 aa  768  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
698 aa  656  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.1 
 
 
704 aa  840  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.6 
 
 
713 aa  917  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0380  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.14 
 
 
703 aa  657  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  3.45435e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.95 
 
 
706 aa  1280  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  89.18 
 
 
734 aa  1276  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  87.82 
 
 
722 aa  1258  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.43 
 
 
724 aa  865  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.81 
 
 
712 aa  776  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.81 
 
 
712 aa  669  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.84021e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3514  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.2 
 
 
772 aa  910  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42780  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.62 
 
 
702 aa  869  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.705764  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 
701 aa  651  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.64 
 
 
727 aa  917  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.93 
 
 
714 aa  768  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.02 
 
 
693 aa  948  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.42 
 
 
705 aa  652  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.5 
 
 
706 aa  1292  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.31 
 
 
696 aa  751  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.8 
 
 
736 aa  657  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  66.86 
 
 
695 aa  902  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  47.39 
 
 
720 aa  644  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.65 
 
 
733 aa  652  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.26 
 
 
710 aa  645  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.9638e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002613  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  75.98 
 
 
711 aa  1080  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.99 
 
 
711 aa  664  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1463  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  60.55 
 
 
698 aa  798  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.49 
 
 
706 aa  1277  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.63 
 
 
723 aa  653  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.93 
 
 
736 aa  640  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.99 
 
 
742 aa  677  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.48 
 
 
746 aa  644  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.12 
 
 
735 aa  684  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.36 
 
 
725 aa  766  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.69 
 
 
721 aa  696  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.69 
 
 
721 aa  696  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.68 
 
 
702 aa  880  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 
728 aa  649  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.29 
 
 
734 aa  640  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.02 
 
 
722 aa  760  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.93 
 
 
734 aa  650  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>