More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A1199 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  50.7 
 
 
646 aa  672    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.7 
 
 
646 aa  672    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  100 
 
 
637 aa  1317    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  50.7 
 
 
646 aa  671    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  54.57 
 
 
648 aa  709    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  51.01 
 
 
646 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  50.7 
 
 
646 aa  672    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  63.95 
 
 
643 aa  870    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  51.01 
 
 
646 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  50.7 
 
 
646 aa  672    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  99.53 
 
 
638 aa  1309    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  54.42 
 
 
640 aa  714    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  50.86 
 
 
646 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  56.7 
 
 
645 aa  724    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  56.23 
 
 
645 aa  723    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  50.7 
 
 
646 aa  672    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  51.17 
 
 
646 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  50.7 
 
 
646 aa  672    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  48.59 
 
 
646 aa  655    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  99.69 
 
 
638 aa  1311    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  51.01 
 
 
646 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  50.7 
 
 
646 aa  674    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  50.7 
 
 
646 aa  672    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  36.28 
 
 
673 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  34.12 
 
 
676 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  34.01 
 
 
669 aa  381  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  32.76 
 
 
661 aa  355  1e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  31.57 
 
 
631 aa  318  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  31.45 
 
 
636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  31.29 
 
 
636 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  30.88 
 
 
634 aa  303  9e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  30.6 
 
 
636 aa  302  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  30.8 
 
 
647 aa  299  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  30.96 
 
 
647 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  30.8 
 
 
647 aa  297  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  30.96 
 
 
647 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  30.54 
 
 
636 aa  293  9e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  30.5 
 
 
635 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  29.92 
 
 
636 aa  278  3e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  30.35 
 
 
637 aa  276  9e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  27.33 
 
 
657 aa  263  6e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  27.44 
 
 
636 aa  261  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  29.17 
 
 
635 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 
648 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 
642 aa  139  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.8 
 
 
663 aa  137  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 
648 aa  137  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.77 
 
 
634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.77 
 
 
634 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.77 
 
 
634 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 
634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 
634 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.63 
 
 
634 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 
637 aa  130  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.73 
 
 
648 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.11 
 
 
648 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.04 
 
 
634 aa  128  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  26.29 
 
 
650 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.07 
 
 
634 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 
648 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.45 
 
 
650 aa  127  8.000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.35 
 
 
637 aa  126  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.85 
 
 
650 aa  126  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.36 
 
 
632 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 
634 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.82 
 
 
634 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 
634 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 
632 aa  124  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
803 aa  123  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.77 
 
 
638 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.59 
 
 
673 aa  117  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 
979 aa  117  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  22.82 
 
 
646 aa  117  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.6 
 
 
650 aa  117  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.99 
 
 
742 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0024682 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.62 
 
 
1021 aa  114  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.09 
 
 
634 aa  113  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.87 
 
 
642 aa  112  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 
928 aa  110  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.4 
 
 
587 aa  110  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.94 
 
 
650 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.1 
 
 
637 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.6 
 
 
1076 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.37 
 
 
1072 aa  107  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  23.8 
 
 
800 aa  107  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  23.19 
 
 
639 aa  107  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
645 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.07 
 
 
994 aa  104  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.62 
 
 
639 aa  104  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.93 
 
 
644 aa  104  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 
722 aa  103  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.47 
 
 
649 aa  103  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.39 
 
 
783 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.23 
 
 
782 aa  102  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1740  GGDEF domain-containing protein  25.28 
 
 
763 aa  101  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  21.9 
 
 
631 aa  100  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.81 
 
 
975 aa  100  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6068  hypothetical protein  25.81 
 
 
550 aa  100  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.17 
 
 
734 aa  99.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.09 
 
 
645 aa  99.8  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>