165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4248 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  100 
 
 		 108 aa  222  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000157593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  99.07 
 
 		 119 aa  221  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  91.67 
 
 		 119 aa  209  9e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  87.96 
 
 		 108 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  87.04 
 
 		 108 aa  197  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000599062  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  87.96 
 
 		 108 aa  196  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  87.04 
 
 		 119 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000396678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  86.11 
 
 		 119 aa  194  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  85.19 
 
 		 119 aa  191  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  82.41 
 
 		 119 aa  186  7e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  60.19 
 
 		 119 aa  140  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000166605  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  57.69 
 
 		 120 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000277263  unclonable  0.00000245558 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  53.4 
 
 		 115 aa  126  8.000000000000001e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  56.73 
 
 		 118 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  52.88 
 
 		 120 aa  121  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000742435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  53.85 
 
 		 119 aa  120  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000059586  unclonable  0.00000000749508 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  51.92 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  55.34 
 
 		 107 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000192203  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  52.88 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000556747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  52.88 
 
 		 118 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000139461  unclonable  0.0000000000208872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000319179  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000450646  unclonable  0.0000000000397397 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  55.34 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  52.88 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000936038  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000794478  unclonable  0.00000000000188803 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000348711  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000190839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  50.96 
 
 		 118 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000021378  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  50 
 
 		 120 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  54.37 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  52.43 
 
 		 117 aa  113  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  51 
 
 		 118 aa  111  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  46.3 
 
 		 133 aa  102  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  48.15 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  45.45 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  45.37 
 
 		 133 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  45.79 
 
 		 133 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  44.86 
 
 		 134 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  44.86 
 
 		 134 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  44.86 
 
 		 134 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  45.37 
 
 		 130 aa  94.4  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  42.86 
 
 		 128 aa  92.8  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  44.34 
 
 		 135 aa  91.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  43.93 
 
 		 135 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  44.55 
 
 		 128 aa  90.5  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  43.93 
 
 		 135 aa  90.5  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  41 
 
 		 162 aa  87.4  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  41 
 
 		 114 aa  84.3  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  41 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  38.89 
 
 		 119 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4180  ribonuclease P protein component  100 
 
 		 37 aa  79.7  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000040396  normal  0.023392 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  41.28 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  41.9 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  39.6 
 
 		 116 aa  75.5  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  37.11 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  40.28 
 
 		 123 aa  66.6  0.00000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  35.85 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  35 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  35.24 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  36.19 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  33.02 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  32.67 
 
 		 123 aa  60.1  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164935  unclonable  0.0000011472 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  47.17 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  32.08 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  32.67 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  0.0000473513 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2225  ribonuclease P  38 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  40 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2315  ribonuclease P  38.38 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  32.95 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  44.93 
 
 		 123 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  29.35 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04102  ribonuclease P  46.81 
 
 		 55 aa  51.6  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000363404  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  31.37 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102633  hitchhiker  0.0000000753131 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4508  ribonuclease P protein component  51.02 
 
 		 170 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  33.7 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2333  ribonuclease P protein component  49.12 
 
 		 120 aa  50.1  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  38.27 
 
 		 116 aa  49.3  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1969  ribonuclease P protein component  37.38 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  38.27 
 
 		 116 aa  49.3  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  37.84 
 
 		 116 aa  48.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3155  ribonuclease P protein component  45.31 
 
 		 87 aa  48.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0217012  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  36 
 
 		 123 aa  47.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  43.48 
 
 		 119 aa  47.8  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  32.98 
 
 		 109 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  33.66 
 
 		 113 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  36.49 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27050  predicted protein  53.33 
 
 		 164 aa  46.2  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.121605  hitchhiker  0.000860128 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  40.54 
 
 		 121 aa  46.6  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>