More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4179 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0042  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  100 
 
 
230 aa  451  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0038  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  100 
 
 
230 aa  451  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4179  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  100 
 
 
219 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4870  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.03 
 
 
231 aa  381  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0115429 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03508  tRNA (Guanosine-2'-O-)-methyltransferase  82.87 
 
 
229 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0054  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.87 
 
 
229 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03460  hypothetical protein  82.87 
 
 
229 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0060  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.87 
 
 
229 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232977 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4154  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  83.33 
 
 
229 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3862  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.87 
 
 
229 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.87 
 
 
229 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4130  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.41 
 
 
229 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3986  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.41 
 
 
229 aa  373  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4102  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.41 
 
 
229 aa  371  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3960  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  82.41 
 
 
229 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4069  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  81.94 
 
 
229 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351215  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  81.94 
 
 
229 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.339816  normal  0.0254174 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  81.94 
 
 
229 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608794  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4148  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  79.36 
 
 
230 aa  363  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4212  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  77.52 
 
 
230 aa  361  4e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0088  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  79.07 
 
 
229 aa  361  5.0000000000000005e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4495  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  77.98 
 
 
230 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  79.36 
 
 
230 aa  359  2e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545722  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00626  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  65.58 
 
 
227 aa  294  7e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001865  tRNA (Guanosine18-2'-O-)-methyltransferase  65.74 
 
 
227 aa  290  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0351  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  60.37 
 
 
250 aa  287  9e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4975  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  59.07 
 
 
235 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3496  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  59.91 
 
 
234 aa  272  2.0000000000000002e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000329165 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0332  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  58.72 
 
 
231 aa  267  8e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.124649 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3501  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  58.45 
 
 
234 aa  267  8e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00157  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  60.27 
 
 
235 aa  265  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4585  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  55.96 
 
 
231 aa  262  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0102229  unclonable  0.0000000288798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3881  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  57.41 
 
 
228 aa  262  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0312373  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0262  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  54.13 
 
 
241 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.132081  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2942  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  55.05 
 
 
233 aa  249  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3115  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  55.05 
 
 
233 aa  249  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.749527  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1198  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  51.47 
 
 
224 aa  215  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2234  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  51.94 
 
 
216 aa  211  4.9999999999999996e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0074  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  50.7 
 
 
228 aa  202  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0536  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  48.53 
 
 
220 aa  201  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.528971  normal  0.0365793 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1727  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  47.85 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2737  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  46.45 
 
 
244 aa  194  9e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1255  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  48.78 
 
 
219 aa  193  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.87838  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0929  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  46.83 
 
 
216 aa  192  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0817  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  46.12 
 
 
219 aa  191  5e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.14 
 
 
223 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0125765  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0197  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  52.84 
 
 
210 aa  187  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1213  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  48.29 
 
 
216 aa  184  9e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04421  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.65 
 
 
223 aa  181  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.961343  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.16 
 
 
223 aa  180  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04831  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.18 
 
 
224 aa  179  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2003  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.72 
 
 
224 aa  176  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1577  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.96 
 
 
229 aa  174  7e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1756  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.55 
 
 
229 aa  174  8e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04781  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.06 
 
 
229 aa  173  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.4365  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.41 
 
 
229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0802  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.96 
 
 
229 aa  172  5e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.681579  hitchhiker  0.00885649 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20701  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.14 
 
 
229 aa  171  9e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0597  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  47.85 
 
 
250 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00512531  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0312  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  46.29 
 
 
212 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2876  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  45.12 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1484  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.4 
 
 
196 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000054837  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0906  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  43.9 
 
 
196 aa  132  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00000238079  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  41.98 
 
 
202 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1972  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.7 
 
 
197 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0293079 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.25 
 
 
247 aa  122  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3141  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  42.94 
 
 
187 aa  119  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.48 
 
 
237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.99 
 
 
256 aa  112  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4332  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.36 
 
 
225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11883  spoU protein (spoU)  38.1 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4179  tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU  35.23 
 
 
225 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0240712  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4310  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.66 
 
 
225 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.13 
 
 
239 aa  105  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.282082 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1800  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.18 
 
 
265 aa  102  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2638  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.58 
 
 
259 aa  101  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2661  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.47 
 
 
256 aa  100  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0053  tRNA/rRNA methyltransferase  32.95 
 
 
218 aa  97.8  1e-19  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36 
 
 
248 aa  96.3  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.56 
 
 
220 aa  96.7  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1528  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.9 
 
 
220 aa  96.7  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.16942  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3173  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.57 
 
 
261 aa  95.1  8e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0121288  normal  0.209756 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0572  RNA methyltransferase  36.67 
 
 
252 aa  94.7  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4434  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.45 
 
 
231 aa  92.8  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.18455  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  37.67 
 
 
294 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf131  SpoU class tRNA/rRNA methyltransferase  31.37 
 
 
229 aa  90.1  3e-17  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08786  putative rRNA methylase  36.71 
 
 
264 aa  89.4  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2061  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.56 
 
 
254 aa  89.4  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1903  RNA methyltransferase  36.08 
 
 
244 aa  89.4  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0247051 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  37.33 
 
 
271 aa  89.4  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.67 
 
 
269 aa  89  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.67 
 
 
262 aa  88.6  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.5 
 
 
286 aa  88.6  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.04 
 
 
286 aa  88.6  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl088  rRNA methylase  30.14 
 
 
242 aa  88.2  9e-17  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0406  RNA methyltransferase  35.44 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0940631  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  34.52 
 
 
234 aa  87.4  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.42 
 
 
315 aa  87.8  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1164  hypothetical protein  36.18 
 
 
246 aa  87.4  1e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.2944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.24 
 
 
276 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>