More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4035 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  100 
 
 
108 aa  220  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  100 
 
 
108 aa  220  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  100 
 
 
108 aa  220  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  87.96 
 
 
109 aa  201  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.71604e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.15955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  2.36523e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  87.04 
 
 
109 aa  199  1e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  85.19 
 
 
108 aa  192  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  83.33 
 
 
108 aa  191  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  82.41 
 
 
108 aa  190  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0156  thioredoxin  81.48 
 
 
108 aa  188  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  78.7 
 
 
108 aa  183  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2698  thioredoxin  79.63 
 
 
108 aa  181  2e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0171911  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  79.63 
 
 
108 aa  181  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  79.63 
 
 
108 aa  181  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  76.85 
 
 
108 aa  181  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  79.63 
 
 
108 aa  179  9e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  74.07 
 
 
108 aa  175  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  8.76713e-08  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  75 
 
 
108 aa  172  1e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  75 
 
 
108 aa  172  1e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  75 
 
 
108 aa  172  1e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  75 
 
 
108 aa  172  1e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  171  2e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  72.22 
 
 
112 aa  171  3e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5457  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  171  3e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0195643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  170  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  8.66569e-05 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  74.07 
 
 
108 aa  170  6e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  72.22 
 
 
108 aa  170  6e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  170  6e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  71.3 
 
 
108 aa  170  7e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  71.3 
 
 
108 aa  169  8e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  72.22 
 
 
108 aa  169  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  169  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  71.96 
 
 
109 aa  169  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5983  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  167  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  168  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  71.3 
 
 
108 aa  167  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5215  thioredoxin  71.96 
 
 
109 aa  167  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  71.3 
 
 
108 aa  167  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5124  thioredoxin  71.96 
 
 
109 aa  167  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  72.22 
 
 
108 aa  167  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  72.22 
 
 
108 aa  167  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  72.22 
 
 
108 aa  166  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5243  thioredoxin  71.96 
 
 
109 aa  166  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  68.52 
 
 
108 aa  164  3e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  7.24164e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  70.09 
 
 
109 aa  164  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  161  2e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.55412e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  161  2e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0036  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  161  4e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0705575 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  68.63 
 
 
107 aa  160  7e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  67.29 
 
 
110 aa  160  8e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3080  thioredoxin  66.67 
 
 
108 aa  159  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  66.67 
 
 
108 aa  159  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  67.29 
 
 
110 aa  158  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0368  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.27502 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  67.29 
 
 
110 aa  158  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  68.87 
 
 
116 aa  157  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  65.74 
 
 
146 aa  158  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  67.59 
 
 
108 aa  158  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1825  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  157  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0606148  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2362  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  157  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0224789  normal  0.140308 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  156  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0950  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  156  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.263431  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  156  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  64.81 
 
 
146 aa  156  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0189  thioredoxin 1  65.74 
 
 
108 aa  155  2e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.345183  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  65.14 
 
 
110 aa  155  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  154  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  65.42 
 
 
109 aa  154  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  63.89 
 
 
108 aa  154  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  154  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  63.55 
 
 
133 aa  155  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>