154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4017 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0197  uroporphyrinogen-III synthase  100 
 
 
249 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00133341  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0535  uroporphyrinogen-III synthase  100 
 
 
249 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4017  uroporphyrinogen-III synthase  100 
 
 
249 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.405149  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0177  uroporphyrinogen-III synthase  75.2 
 
 
246 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.033755  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3981  uroporphyrinogen-III synthase  70.33 
 
 
246 aa  362  4e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000864571  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4172  uroporphyrinogen-III synthase  70.33 
 
 
246 aa  360  9e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0344779  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0178  uroporphyrinogen-III synthase  64.63 
 
 
246 aa  338  4e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0118658  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0227  uroporphyrinogen-III synthase  65.04 
 
 
246 aa  331  9e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3988  uroporphyrinogen-III synthase  64.23 
 
 
246 aa  328  6e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4169  uroporphyrinogen-III synthase  62.2 
 
 
246 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.534441 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4263  uroporphyrinogen-III synthase  61.38 
 
 
246 aa  318  7e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5242  uroporphyrinogen-III synthase  61.38 
 
 
246 aa  317  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4024  uroporphyrinogen-III synthase  61.38 
 
 
246 aa  317  1e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4319  uroporphyrinogen-III synthase  61.38 
 
 
246 aa  317  1e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0995416  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03679  uroporphyrinogen-III synthetase  61.38 
 
 
246 aa  316  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.398858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03628  hypothetical protein  61.38 
 
 
246 aa  316  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4203  uroporphyrinogen-III synthase  60.98 
 
 
246 aa  315  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110892  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4175  Uroporphyrinogen-III synthase  60.98 
 
 
246 aa  315  4e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.272222  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4219  uroporphyrinogen-III synthase  60.98 
 
 
246 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.374545  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4326  uroporphyrinogen-III synthase  60.98 
 
 
246 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.975314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4267  uroporphyrinogen-III synthase  60.98 
 
 
246 aa  312  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4165  uroporphyrinogen-III synthase  60.98 
 
 
246 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000285608  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4150  uroporphyrinogen-III synthase  60.98 
 
 
246 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0062  uroporphyrinogen-III synthase  51.22 
 
 
246 aa  256  2e-67  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0219  uroporphyrinogen III synthase HemD  38.8 
 
 
248 aa  185  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0045  uroporphyrinogen-III synthase  44.59 
 
 
222 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2399  uroporphyrinogen-III synthase  38.46 
 
 
260 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.659823  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002105  uroporphyrinogen-III synthase  38.62 
 
 
242 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.939405  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00315  uroporphyrinogen-III synthase  36.59 
 
 
242 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4314  uroporphyrinogen-III synthase  36.14 
 
 
246 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3588  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.34 
 
 
246 aa  139  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.59 
 
 
238 aa  135  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3639  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.32 
 
 
232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.23023  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.36 
 
 
232 aa  125  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3902  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.78 
 
 
246 aa  125  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0385  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.89 
 
 
232 aa  125  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.108763  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3979  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.39 
 
 
246 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4095  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.39 
 
 
246 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.56612 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0028  Uroporphyrinogen-III synthase  33.06 
 
 
272 aa  123  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3255  uroporphyrinogen-III synthase  34.15 
 
 
239 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0011  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.6 
 
 
271 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.458741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4134  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.71 
 
 
244 aa  118  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4001  uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.56 
 
 
232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.655634  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0317  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.27 
 
 
243 aa  116  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0439  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.79 
 
 
239 aa  115  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2689  uroporphyrinogen-III synthase  33.6 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3061  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.94 
 
 
672 aa  113  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0034  uroporphyrinogen-III synthase  30.65 
 
 
256 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0372  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.98 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0482  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.05 
 
 
243 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3641  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.22 
 
 
244 aa  106  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3108  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.6 
 
 
251 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0341  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.74 
 
 
240 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3592  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.24 
 
 
250 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3673  uroporphyrinogen-III synthase  32.77 
 
 
260 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3299  uroporphyrinogen-III synthase  31.69 
 
 
262 aa  96.3  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.466839  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2897  Uroporphyrinogen-III synthase  31.69 
 
 
262 aa  96.3  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116607  normal  0.0810585 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2567  uroporphyrinogen-III synthase  33.05 
 
 
252 aa  95.1  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.134092 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1438  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.36 
 
 
267 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880003  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0486  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.98 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0073  uroporphyrinogen-III synthase  31.27 
 
 
253 aa  92.8  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1026  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.9 
 
 
264 aa  87.8  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.928762  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2661  uroporphyrinogen-III synthetase  28.94 
 
 
250 aa  87.8  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3410  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.32 
 
 
672 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69440  uroporphyrinogen-III synthase  31.93 
 
 
251 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0503  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.92 
 
 
265 aa  86.3  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6005  uroporphyrinogen-III synthase  31.49 
 
 
251 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201687  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47590  uroporphyrinogen-III synthase  32.19 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0212  uroporphyrinogen-III synthase  32 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475879  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2792  uroporphyrinogen-III synthetase  27.47 
 
 
250 aa  82  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0209  uroporphyrinogen-III synthase  33.98 
 
 
255 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0187  uroporphyrinogen-III synthase  33.98 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0281  uroporphyrinogen-III synthase  33.77 
 
 
257 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  32.75 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2173  uroporphyrinogen-III synthase  30.3 
 
 
268 aa  79  0.00000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0008  uroporphyrinogen-III synthase  30.3 
 
 
268 aa  78.2  0.0000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0960218  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1070  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.57 
 
 
672 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0257  uroporphyrinogen-III synthase  36.47 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.884296  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3666  Na+/H+ antiporter NhaA  29.19 
 
 
290 aa  74.7  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.232778  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0113  uroporphyrinogen III methylase  27.31 
 
 
264 aa  72  0.000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2570  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.56 
 
 
702 aa  72  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.866591 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2162  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.37 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2669  uroporphyrinogen-III synthase  26.12 
 
 
261 aa  70.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000490526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0129  uroporphyrinogen-III synthetase  30.17 
 
 
258 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2356  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.74 
 
 
695 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.134951  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0731  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29 
 
 
659 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0061  uroporphyrinogen-III synthase  29.31 
 
 
257 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1231  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29 
 
 
659 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2283  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29 
 
 
659 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3001  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29 
 
 
659 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1072  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29 
 
 
659 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1078  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29 
 
 
659 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1596  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29 
 
 
659 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447843  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2165  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.5 
 
 
665 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.255779 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0131  uroporphyrinogen-III synthase  31.47 
 
 
269 aa  64.3  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.239326 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0701  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.6 
 
 
689 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0873  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.25 
 
 
659 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1482  putative uroporphyrinogen III synthase  23.74 
 
 
266 aa  58.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.360624  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2333  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.02 
 
 
655 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.623737 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2178  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.04 
 
 
686 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.280216  hitchhiker  0.000563849 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>