282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3936 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_3225  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  67.61 
 
 
494 aa  711    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.45 
 
 
497 aa  939    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  89.25 
 
 
497 aa  937    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  91.05 
 
 
506 aa  966    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0701  UbiD family decarboxylase  69.26 
 
 
503 aa  728    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.05 
 
 
497 aa  935    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  77.41 
 
 
488 aa  802    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  77.41 
 
 
550 aa  803    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  72.75 
 
 
498 aa  750    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  86.75 
 
 
498 aa  919    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0708  hypothetical protein  68.46 
 
 
503 aa  705    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156855  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0177  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  78.09 
 
 
497 aa  819    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.16 
 
 
498 aa  941    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  76.18 
 
 
487 aa  796    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  74.54 
 
 
488 aa  783    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  76.18 
 
 
488 aa  789    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2151  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  66.41 
 
 
519 aa  719    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3001  hypothetical protein  73.31 
 
 
488 aa  780    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2862  hypothetical protein  73.31 
 
 
488 aa  778    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  76.18 
 
 
493 aa  805    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  100 
 
 
498 aa  1033    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  76.18 
 
 
492 aa  788    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0415  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  73.31 
 
 
487 aa  757    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.138941 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0614  UbiD family decarboxylase  65.52 
 
 
525 aa  712    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168716  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0765  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  66.6 
 
 
533 aa  696    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  73.92 
 
 
493 aa  778    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  73.92 
 
 
493 aa  784    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  75.15 
 
 
487 aa  770    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  82.17 
 
 
488 aa  850    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3106  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  65.84 
 
 
578 aa  723    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  73.51 
 
 
487 aa  773    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  75.36 
 
 
493 aa  798    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  75.36 
 
 
488 aa  786    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  87.8 
 
 
492 aa  919    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  76.59 
 
 
488 aa  800    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  77.21 
 
 
488 aa  798    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4053  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  65.64 
 
 
518 aa  711    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2591  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  66.03 
 
 
578 aa  723    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.319307  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0150  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  77.12 
 
 
613 aa  753    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000286157  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.05 
 
 
497 aa  935    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  73.92 
 
 
493 aa  780    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  73.92 
 
 
493 aa  778    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  88.01 
 
 
492 aa  921    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00334  3-polyprenyl-4-hydrozybenzoate decarboxylase  76.47 
 
 
617 aa  753    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  88.01 
 
 
492 aa  921    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  73.4 
 
 
487 aa  776    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  89.45 
 
 
497 aa  939    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2936  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  63.71 
 
 
525 aa  671    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.98015 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  73.92 
 
 
493 aa  780    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.25 
 
 
497 aa  937    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1526  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  66.6 
 
 
536 aa  727    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.74472  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0914  UbiD family decarboxylase  65.25 
 
 
518 aa  707    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473263  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  86.44 
 
 
498 aa  906    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  74.33 
 
 
493 aa  788    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  72.78 
 
 
496 aa  772    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0822  UbiD family decarboxylase  65.64 
 
 
518 aa  707    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246371  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  68.02 
 
 
494 aa  717    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  76.39 
 
 
490 aa  800    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  77.41 
 
 
488 aa  801    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2578  UbiD family decarboxylase  67.81 
 
 
494 aa  712    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0888  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  65.33 
 
 
522 aa  704    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3022  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  66.22 
 
 
519 aa  719    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803868  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2702  hypothetical protein  76.47 
 
 
613 aa  749    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193644  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  72.69 
 
 
488 aa  759    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  87.8 
 
 
492 aa  919    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  74.33 
 
 
493 aa  784    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3075  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  66.22 
 
 
519 aa  719    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  74.44 
 
 
493 aa  791    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.25 
 
 
497 aa  936    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  78.44 
 
 
488 aa  805    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  76.18 
 
 
522 aa  791    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2698  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  66.53 
 
 
520 aa  698    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  99.8 
 
 
495 aa  1026    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  88.01 
 
 
492 aa  921    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0473  carboxylyase-like protein  64.82 
 
 
551 aa  708    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0657  UbiD family decarboxylase  68.26 
 
 
503 aa  723    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0892481 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2013  UbiD family decarboxylase  68.61 
 
 
490 aa  710    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.920349 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0474  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  79.43 
 
 
491 aa  829    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  74.54 
 
 
493 aa  781    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  74.74 
 
 
493 aa  785    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  74.13 
 
 
488 aa  775    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  72.69 
 
 
493 aa  778    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  73.1 
 
 
493 aa  777    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0811  UbiD family decarboxylase  65.64 
 
 
518 aa  707    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0758  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  66.41 
 
 
519 aa  719    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176704  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  77.62 
 
 
488 aa  801    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2925  UbiD family decarboxylase  61.2 
 
 
524 aa  635    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.769934 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0952  UbiD family decarboxylase  65.25 
 
 
518 aa  707    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345381  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2022  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  66.41 
 
 
519 aa  719    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79917  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2445  UbiD family decarboxylase  65.44 
 
 
518 aa  709    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2383  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  68.61 
 
 
490 aa  710    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  74.74 
 
 
493 aa  785    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.25 
 
 
497 aa  937    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  100 
 
 
506 aa  1050    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  89.25 
 
 
497 aa  938    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  90 
 
 
501 aa  939    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3106  UbiD family decarboxylase  64.94 
 
 
522 aa  702    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540273  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  77 
 
 
488 aa  798    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  74.44 
 
 
489 aa  800    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  77.82 
 
 
495 aa  800    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>