More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3892 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  100 
 
 
334 aa  643    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  100 
 
 
334 aa  643    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  100 
 
 
334 aa  643    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  75.75 
 
 
334 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  72.64 
 
 
334 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  72.34 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  68.63 
 
 
330 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  67.97 
 
 
318 aa  388  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  65.2 
 
 
330 aa  378  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  61.77 
 
 
329 aa  328  7e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  51.54 
 
 
337 aa  276  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2833  transport system permease protein  62.38 
 
 
329 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  52.65 
 
 
358 aa  268  7e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  46.88 
 
 
366 aa  265  5.999999999999999e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  53 
 
 
354 aa  265  8e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  52.88 
 
 
356 aa  263  3e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  49.15 
 
 
370 aa  261  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  45.24 
 
 
371 aa  252  7e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  41.3 
 
 
368 aa  251  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  48.47 
 
 
356 aa  247  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  51.36 
 
 
354 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  46.18 
 
 
333 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  49.49 
 
 
370 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  46.22 
 
 
345 aa  239  5e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  44.79 
 
 
345 aa  239  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  42.43 
 
 
367 aa  238  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  48.77 
 
 
340 aa  233  3e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  46.97 
 
 
338 aa  232  6e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  42.07 
 
 
326 aa  231  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  48.57 
 
 
338 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  44.88 
 
 
343 aa  230  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  46.25 
 
 
378 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  49.48 
 
 
365 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  42.86 
 
 
351 aa  227  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  43.89 
 
 
368 aa  227  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  46.44 
 
 
341 aa  226  6e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  44.84 
 
 
345 aa  225  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  50.35 
 
 
365 aa  223  4e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  42.81 
 
 
452 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  44.25 
 
 
347 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  38.95 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  48.06 
 
 
361 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  40.07 
 
 
362 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0749  iron compound ABC transporter, permease protein  39.88 
 
 
342 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  44.86 
 
 
357 aa  219  5e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  47.35 
 
 
358 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  46.27 
 
 
362 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  46.27 
 
 
362 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4112  iron compound ABC transporter, permease  39.58 
 
 
345 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  39.76 
 
 
337 aa  218  8.999999999999998e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  38.41 
 
 
331 aa  218  8.999999999999998e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  46.15 
 
 
367 aa  218  1e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4501  iron compound ABC transporter, permease protein  39.27 
 
 
342 aa  218  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  40.52 
 
 
373 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4487  iron compound ABC transporter, permease protein  39.58 
 
 
342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  48.65 
 
 
360 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4264  iron compound ABC transporter permease  39.27 
 
 
345 aa  216  5e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4101  iron compound ABC transporter, permease  39.27 
 
 
345 aa  216  5e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4596  iron compound ABC transporter permease protein  39.27 
 
 
342 aa  216  5e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4448  iron compound ABC transporter, permease protein  39.27 
 
 
342 aa  216  5e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4215  transport system permease protein  40.07 
 
 
342 aa  215  7e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  43.39 
 
 
365 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  40.38 
 
 
380 aa  215  7e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4449  iron compound ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
342 aa  215  8e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  47.9 
 
 
340 aa  215  9e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  44.54 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.38 
 
 
373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1829  hemin ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 
373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.273852  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 
409 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 
373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  45.89 
 
 
390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0828  hemin ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 
373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1119  hemin ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 
373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141906  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  49.64 
 
 
343 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  37.27 
 
 
350 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  42.81 
 
 
367 aa  213  4.9999999999999996e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4835  transport system permease protein  46.39 
 
 
361 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  44.12 
 
 
351 aa  212  9e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  47.86 
 
 
361 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1179  iron compound ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 
325 aa  209  4e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00674105  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  43.24 
 
 
363 aa  208  8e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  42.91 
 
 
334 aa  208  1e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  42.91 
 
 
334 aa  208  1e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  42.91 
 
 
363 aa  208  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  43 
 
 
360 aa  208  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2093  hemin ABC transporter, permease protein  44.37 
 
 
338 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  36.02 
 
 
330 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  33.83 
 
 
330 aa  205  7e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  44.82 
 
 
429 aa  205  7e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  42.56 
 
 
315 aa  205  9e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  49.13 
 
 
338 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  48.79 
 
 
338 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  48.79 
 
 
338 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  48.78 
 
 
338 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3335  transport system permease protein  45.78 
 
 
363 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984854  hitchhiker  0.00152467 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  38.57 
 
 
336 aa  202  5e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  48.79 
 
 
338 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  44.29 
 
 
345 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  37.06 
 
 
348 aa  202  6e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003687  vitamin B12 ABC transporter permease component BtuC  41.28 
 
 
337 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>