More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3591 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  99.67 
 
 
299 aa  620  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  100 
 
 
299 aa  622  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  99.67 
 
 
299 aa  620  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  86.82 
 
 
297 aa  544  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  79.87 
 
 
299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  79.87 
 
 
299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  79.87 
 
 
299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  79.19 
 
 
301 aa  501  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  80.07 
 
 
297 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  79.19 
 
 
301 aa  501  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  80.07 
 
 
297 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  79.39 
 
 
299 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  79.19 
 
 
301 aa  500  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  78.86 
 
 
301 aa  500  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  79.39 
 
 
299 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  79.39 
 
 
299 aa  499  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  79.39 
 
 
299 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  78.86 
 
 
301 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  79.05 
 
 
300 aa  496  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  77.97 
 
 
301 aa  491  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  78.64 
 
 
296 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  76.95 
 
 
317 aa  486  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  75 
 
 
295 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  66.89 
 
 
296 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  63.85 
 
 
313 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00975  transcriptional activator NhaR  64.54 
 
 
283 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004424  transcriptional activator NhaR  64.18 
 
 
283 aa  375  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00877643  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  57.63 
 
 
302 aa  352  4e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  57.63 
 
 
307 aa  349  3e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  56.27 
 
 
302 aa  345  5e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  56.76 
 
 
302 aa  343  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  55.59 
 
 
302 aa  342  4e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  56.95 
 
 
302 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  56.61 
 
 
302 aa  341  8e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  56.57 
 
 
311 aa  341  9e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  56.57 
 
 
304 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  56.57 
 
 
311 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  55.93 
 
 
302 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  55.25 
 
 
302 aa  334  9e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  55.93 
 
 
302 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  55.93 
 
 
302 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  53.56 
 
 
302 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  52.68 
 
 
304 aa  322  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.04 
 
 
300 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
297 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
297 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
302 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
302 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
299 aa  198  7e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 
300 aa  198  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
299 aa  195  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
297 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
309 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
298 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
301 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
300 aa  189  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
301 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
309 aa  188  9e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
302 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 
300 aa  187  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
299 aa  186  5e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
298 aa  185  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
313 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
296 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 
298 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
303 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
295 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 
296 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 
305 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
293 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.55 
 
 
296 aa  145  8.000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 
292 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
293 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 
308 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  32.64 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
301 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
301 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
301 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
293 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 
292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 
292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
302 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
309 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  30.36 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
297 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>