224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3378 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3245  sugar-binding domain-containing protein  99.68 
 
 		 314 aa  638    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3378  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  99.68 
 
 		 314 aa  638    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2643  transcriptional regulator, DeoR family  83.12 
 
 		 314 aa  542  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000047791  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2395  transcriptional regulator, putative  58.73 
 
 		 317 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129773  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  42.09 
 
 		 316 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  41.46 
 
 		 316 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0409  DeoR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0717665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  35.69 
 
 		 317 aa  195  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3422  transcriptional regulator, DeoR family  33.12 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00167672  hitchhiker  0.0000946646 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3426  transcriptional regulator, DeoR family  33.44 
 
 		 336 aa  163  3e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000128102  hitchhiker  0.000369774 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  29.17 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4103  transcriptional regulator, DeoR family  30.56 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000227341  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1069  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000512012  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  30.38 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  30 
 
 		 362 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  29.77 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.49 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  29.17 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  26.2 
 
 		 321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.17 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.17 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  29.17 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  29.68 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  29.68 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.17 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.17 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.17 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  29.68 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 315 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  29.17 
 
 		 315 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  26.37 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  29.68 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  29.35 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1071  transcriptional regulator, DeoR family  28.62 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0743327  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2369  putative transcriptional regulator  84.29 
 
 		 81 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00820439  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  27.59 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5499  sorbitol operon regulator SorC  28.35 
 
 		 315 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4482  sorbitol operon regulator SorC  28.35 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.543234 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4524  sorbitol operon regulator SorC  28.35 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  28.39 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  28.39 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  28.39 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  28.39 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  28.39 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3725  transcriptional regulator, DeoR family  28.21 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000852212  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  25.96 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  30.25 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  27.76 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  27.76 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  27.76 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  27.76 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  29.45 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  29.47 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5157  transcriptional regulator, DeoR family  28.84 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  29.43 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  26.95 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  29.13 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  26.81 
 
 		 306 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  27.22 
 
 		 317 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 331 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3997  transcriptional regulator, DeoR family  29.35 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.150923 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  26.71 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  26.38 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  27.67 
 
 		 694 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  28.33 
 
 		 694 aa  106  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3606  DeoR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  25.49 
 
 		 325 aa  105  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  27.44 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  26.5 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1160  citrate lyase regulator, putative  26.93 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152534  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  26.5 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0087  transcriptional regulator  24.68 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.284033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  27.13 
 
 		 332 aa  103  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3451  transcriptional regulator, DeoR family  28.76 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2797  transcriptional regulator, DeoR family  26.3 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  27.13 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0563  SorC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 331 aa  101  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2702  DeoR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3563  hypothetical protein  28.57 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>