More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3373 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B2946  alanyl-tRNA synthetase  82.17 
 
 
876 aa  1500  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00651312  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0744  alanyl-tRNA synthetase  59.32 
 
 
888 aa  1023  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.453512  normal  0.711122 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2824  alanyl-tRNA synthetase  60.52 
 
 
874 aa  1063  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0756598 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3180  alanyl-tRNA synthetase  82.51 
 
 
876 aa  1510  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.08446e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1613  alanyl-tRNA synthetase  61.43 
 
 
874 aa  1073  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894889  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2405  alanyl-tRNA synthetase  50.72 
 
 
901 aa  862  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.665825  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0087  alanyl-tRNA synthetase  55.52 
 
 
884 aa  925  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1324  alanyl-tRNA synthetase  61.03 
 
 
874 aa  1070  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1437  alanyl-tRNA synthetase  57.87 
 
 
874 aa  976  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.738644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2001  alanyl-tRNA synthetase  59.06 
 
 
875 aa  952  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79189e-06 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0101  alanyl-tRNA synthetase  54.88 
 
 
884 aa  923  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5834  alanyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 
886 aa  837  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227807 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1387  alanyl-tRNA synthetase  61.14 
 
 
874 aa  1068  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.371658 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3339  alanyl-tRNA synthetase  66.4 
 
 
874 aa  1228  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0101035  hitchhiker  6.88194e-07 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5607  alanyl-tRNA synthetase  51.46 
 
 
892 aa  840  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.346592  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3763  alanyl-tRNA synthetase  63.82 
 
 
897 aa  1142  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.469111  normal  0.276016 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2820  alanyl-tRNA synthetase  82.74 
 
 
876 aa  1514  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  7.29274e-05  hitchhiker  2.729e-05 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00147  alanyl-tRNA synthetase  57.47 
 
 
882 aa  1002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.328967  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1780  alanyl-tRNA synthetase  43.08 
 
 
878 aa  729  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2626  alanyl-tRNA synthetase  51.08 
 
 
891 aa  843  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.643973  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3633  alanyl-tRNA synthetase  50.68 
 
 
875 aa  833  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.511669  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3839  alanyl-tRNA synthetase  47.65 
 
 
905 aa  805  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.538554  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02846  alanyl-tRNA synthetase  61.37 
 
 
865 aa  1102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.12148  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1536  alanyl-tRNA synthetase  43.61 
 
 
856 aa  756  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  2.7092e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2978  alanyl-tRNA synthetase  82.51 
 
 
876 aa  1509  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.471212  decreased coverage  0.000181445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3013  alanyl-tRNA synthetase  82.51 
 
 
876 aa  1507  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.627309  decreased coverage  1.32365e-06 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3029  alanyl-tRNA synthetase  82.51 
 
 
876 aa  1507  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0315037  decreased coverage  3.67228e-05 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1478  alanyl-tRNA synthetase  58.38 
 
 
882 aa  984  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.734898  normal  0.362746 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2668  alanyl-tRNA synthetase  45.07 
 
 
888 aa  699  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0302  alanyl-tRNA synthetase  44.21 
 
 
885 aa  687  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.125416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4372  alanyl-tRNA synthetase  52.05 
 
 
889 aa  862  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0330  alanyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 
886 aa  702  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.43097  normal  0.0181617 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0578  alanyl-tRNA synthetase  41.69 
 
 
879 aa  643  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3154  alanyl-tRNA synthetase  50 
 
 
876 aa  862  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0206  alanyl-tRNA synthetase  42.65 
 
 
888 aa  685  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0146  alanyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 
876 aa  767  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0010822  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1433  alanyl-tRNA synthetase  43.33 
 
 
863 aa  708  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1015  alanyl-tRNA synthetase  82.4 
 
 
876 aa  1508  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00108503  hitchhiker  0.000252417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1318  alanyl-tRNA synthetase  67.54 
 
 
874 aa  1241  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0106685  hitchhiker  0.00151314 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0051  alanyl-tRNA synthetase  47.43 
 
 
852 aa  710  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2980  alanyl-tRNA synthetase  82.51 
 
 
876 aa  1510  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.68314e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2833  alanyl-tRNA synthetase  82.63 
 
 
876 aa  1511  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.53011e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03511  alanyl-tRNA synthetase  64.25 
 
 
865 aa  1188  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3711  alanyl-tRNA synthetase  45.8 
 
 
905 aa  753  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.296443  hitchhiker  6.4855e-05 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0990  alanyl-tRNA synthetase  54.01 
 
 
865 aa  968  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4081  alanyl-tRNA synthetase  50.23 
 
 
884 aa  783  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2579  alanyl-tRNA synthetase  52.08 
 
 
913 aa  877  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159446  normal  0.328441 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1499  alanyl-tRNA synthetase  44.33 
 
 
867 aa  709  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0686  alanyl-tRNA synthetase  46.28 
 
 
852 aa  718  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00144447  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0986  alanyl-tRNA synthetase  45.6 
 
 
845 aa  683  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3238  alanyl-tRNA synthetase  99.89 
 
 
875 aa  1804  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.22674e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1429  alanyl-tRNA synthetase  45.61 
 
 
842 aa  706  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3904  alanyl-tRNA synthetase  48.9 
 
 
904 aa  823  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.639044  normal  0.0112827 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3101  alanyl-tRNA synthetase  44.83 
 
 
880 aa  729  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.438368  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0843  alanyl-tRNA synthetase  88.11 
 
 
892 aa  1616  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.00247e-06  unclonable  3.09197e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1196  alanyl-tRNA synthetase  67.24 
 
 
875 aa  1216  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00838926  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1268  alanyl-tRNA synthetase  48.62 
 
 
876 aa  783  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3373  alanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
875 aa  1806  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0247326  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0912  alanyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 
880 aa  688  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00106674  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1394  alanyl-tRNA synthetase  50.28 
 
 
883 aa  844  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3979  alanyl-tRNA synthetase  64.75 
 
 
897 aa  1153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.567891  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1489  alanyl-tRNA synthetase  44.28 
 
 
877 aa  729  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.63922e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4235  alanyl-tRNA synthetase  44.09 
 
 
880 aa  717  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.688921  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2598  alanyl-tRNA synthetase  52 
 
 
891 aa  847  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0898  alanyl-tRNA synthetase  99.89 
 
 
875 aa  1805  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.0723e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0883  alanyl-tRNA synthetase  53.9 
 
 
865 aa  967  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  8.18492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1906  alanyl-tRNA synthetase  61.26 
 
 
874 aa  1070  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.206627 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0620  alanyl-tRNA synthetase  42.68 
 
 
876 aa  704  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4054  alanyl-tRNA synthetase  57.04 
 
 
874 aa  1013  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100715  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2617  alanyl-tRNA synthetase  44.07 
 
 
879 aa  716  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00109675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3267  alanyl-tRNA synthetase  68.11 
 
 
874 aa  1237  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.235906  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3635  alanyl-tRNA synthetase  44.17 
 
 
889 aa  692  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.988674  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1642  alanyl-tRNA synthetase  52.11 
 
 
887 aa  871  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.338529  hitchhiker  2.32232e-10 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1987  alanyl-tRNA synthetase  53.95 
 
 
885 aa  894  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.363624  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3136  alanyl-tRNA synthetase  82.4 
 
 
876 aa  1506  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0299814  hitchhiker  0.000378627 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3088  alanyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 
880 aa  659  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.150623  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2268  alanyl-tRNA synthetase  44.7 
 
 
878 aa  738  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  1.49569e-05 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2026  alanyl-tRNA synthetase  45.74 
 
 
879 aa  723  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0668165  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2555  alanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
878 aa  673  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0457  alanyl-tRNA synthetase  43.6 
 
 
881 aa  704  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3181  alanyl-tRNA synthetase  48.76 
 
 
879 aa  833  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0936  alanyl-tRNA synthetase  41.71 
 
 
870 aa  665  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05100  alanyl-tRNA synthetase  41.52 
 
 
878 aa  648  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.637109  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07800  alanyl-tRNA synthetase  42.55 
 
 
889 aa  681  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0367295 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0127  alanyl-tRNA synthetase  44.16 
 
 
877 aa  678  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0445567  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1452  alanyl-tRNA synthetase  42.5 
 
 
879 aa  678  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0446  alanyl-tRNA synthetase  42.29 
 
 
871 aa  652  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0951  alanyl-tRNA synthetase  42.36 
 
 
854 aa  646  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.197115  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2535  alanyl-tRNA synthetase  40.72 
 
 
900 aa  647  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5667  alanyl-tRNA synthetase  41.79 
 
 
886 aa  680  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3738  alanyl-tRNA synthetase  50.91 
 
 
875 aa  833  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3211  alanyl-tRNA synthetase  82.4 
 
 
875 aa  1477  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.277669  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0311  alanyl-tRNA synthetase  47.81 
 
 
880 aa  816  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1440  alanyl-tRNA synthetase  43.92 
 
 
874 aa  674  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000329754  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0962  alanyl-tRNA synthetase  46.46 
 
 
878 aa  733  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04755  alanyl-tRNA synthetase  42.07 
 
 
870 aa  642  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.604916  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0223  alanyl-tRNA synthetase  42.14 
 
 
894 aa  656  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0181746 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2551  alanyl-tRNA synthetase  41.9 
 
 
870 aa  658  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.549069  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1614  alanyl-tRNA synthetase  61.19 
 
 
869 aa  1045  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2378  alanyl-tRNA synthetase  42.64 
 
 
890 aa  649  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188776  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>