More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3160 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  86.38 
 
 
258 aa  461  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  82.03 
 
 
256 aa  434  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  81.25 
 
 
256 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  79.07 
 
 
258 aa  421  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  78.68 
 
 
258 aa  422  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  72.66 
 
 
256 aa  394  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 
269 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.36 
 
 
256 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 
269 aa  374  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 
256 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 
256 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 
269 aa  374  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  68.36 
 
 
269 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 
256 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 
269 aa  374  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  67.84 
 
 
256 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 
256 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 
269 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 
256 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  67.58 
 
 
256 aa  368  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  51.67 
 
 
279 aa  263  3e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.55 
 
 
281 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  46.86 
 
 
275 aa  248  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  45.96 
 
 
275 aa  245  6e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  44.49 
 
 
275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  44.49 
 
 
275 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
286 aa  235  7e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  45.22 
 
 
280 aa  234  8e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
300 aa  232  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  44.98 
 
 
283 aa  226  2e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  43.75 
 
 
277 aa  226  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.96 
 
 
277 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.32 
 
 
282 aa  224  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  44.98 
 
 
283 aa  223  3e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
276 aa  221  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
277 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  42.59 
 
 
277 aa  215  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 
277 aa  214  8e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.66 
 
 
271 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  43.66 
 
 
271 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
271 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.01 
 
 
281 aa  206  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  40.88 
 
 
280 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  40.88 
 
 
280 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  41.97 
 
 
284 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
272 aa  202  6e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  40.15 
 
 
277 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
275 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
338 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
277 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
272 aa  172  6.999999999999999e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  37.92 
 
 
273 aa  170  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
317 aa  165  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  38.58 
 
 
275 aa  159  3e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
280 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 
278 aa  156  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  34.83 
 
 
277 aa  154  9e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  34.83 
 
 
276 aa  151  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 
344 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
277 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
278 aa  149  6e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
300 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
279 aa  146  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 
281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
314 aa  145  9e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
291 aa  145  9e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 
276 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 
287 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
267 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 
271 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
275 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 
291 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
278 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 
291 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  37.17 
 
 
272 aa  138  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 
291 aa  137  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.34 
 
 
270 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
285 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
268 aa  136  4e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.08 
 
 
298 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 
291 aa  136  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.84 
 
 
272 aa  136  4e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  32.12 
 
 
286 aa  135  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.43 
 
 
272 aa  135  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
276 aa  135  8e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  33.09 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>