More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3128 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  100 
 
 		 384 aa  796    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  69.11 
 
 		 387 aa  565  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  67.55 
 
 		 387 aa  533  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  59.84 
 
 		 387 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  59.84 
 
 		 387 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  59.21 
 
 		 387 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  58.42 
 
 		 387 aa  468  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  58.42 
 
 		 387 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  56.17 
 
 		 386 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  61.2 
 
 		 324 aa  384  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  42.58 
 
 		 349 aa  307  3e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  39.06 
 
 		 369 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  39.06 
 
 		 369 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  39.06 
 
 		 369 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  39.06 
 
 		 369 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  38.67 
 
 		 369 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  36.57 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  35.81 
 
 		 276 aa  211  1e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  33.06 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.68 
 
 		 359 aa  127  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.83 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  27.61 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  27.61 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  30.62 
 
 		 429 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  30.8 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  29.06 
 
 		 343 aa  111  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  37.74 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  33.47 
 
 		 275 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  30.36 
 
 		 251 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  28.29 
 
 		 421 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  36.47 
 
 		 172 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2312  hypothetical protein  26.34 
 
 		 364 aa  99.8  8e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3904  phage integrase family site specific recombinase  65.62 
 
 		 122 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.908319  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  31.73 
 
 		 386 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  35.22 
 
 		 412 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32.34 
 
 		 337 aa  92  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  25.33 
 
 		 334 aa  90.5  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  29.05 
 
 		 401 aa  90.1  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  36.31 
 
 		 159 aa  89.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  24.1 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6962  integrase family protein  29.8 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  29.86 
 
 		 375 aa  87.8  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  30.4 
 
 		 380 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  29.75 
 
 		 372 aa  86.3  8e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  23.33 
 
 		 337 aa  86.3  8e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3098  integrase family protein  27.24 
 
 		 428 aa  86.3  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  30.74 
 
 		 374 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  27.81 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  37.84 
 
 		 188 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1723  prophage DLP12 integrase  43.62 
 
 		 128 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.241784  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  31.14 
 
 		 222 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1546  prophage DLP12 integrase  43.62 
 
 		 128 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  29.28 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  31.3 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  29.39 
 
 		 374 aa  83.2  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  28.51 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  29.12 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  29.12 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1525  phage integrase family site specific recombinase  41.49 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  27.31 
 
 		 338 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  26.97 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  27.15 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  27 
 
 		 397 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  28.32 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  24.15 
 
 		 329 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2297  integrative genetic element Ppu40, integrase  28.82 
 
 		 274 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  26.96 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.84 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  25.3 
 
 		 381 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 379 aa  72.4  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  27.56 
 
 		 339 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  25.46 
 
 		 387 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3473  integrase family protein  23.64 
 
 		 392 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115261 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4162  integrase family protein  26.37 
 
 		 396 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  24.28 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3903  phage integrase family site specific recombinase  53.33 
 
 		 99 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.823274  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  26.09 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  29.21 
 
 		 388 aa  70.9  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  31.36 
 
 		 395 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  30.63 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  25.31 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  27.27 
 
 		 392 aa  69.7  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  28.07 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  25.22 
 
 		 340 aa  69.3  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1646  integrase family protein  27.66 
 
 		 330 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  29.03 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  24.23 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  27.06 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  30.51 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  28.18 
 
 		 431 aa  67.4  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  23.4 
 
 		 391 aa  67  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  25.12 
 
 		 379 aa  67  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1936  integrase family protein  23.99 
 
 		 391 aa  66.6  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.642431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1727  phage integrase  26.4 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  26.8 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2998  hypothetical protein  26.97 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  27.02 
 
 		 381 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  30.17 
 
 		 393 aa  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>