More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2785 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  100 
 
 
526 aa  1083    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  100 
 
 
526 aa  1083    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  52.08 
 
 
528 aa  573  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  41.55 
 
 
518 aa  443  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  41.55 
 
 
518 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  42.94 
 
 
518 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  42.94 
 
 
518 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  41.55 
 
 
518 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  41.49 
 
 
518 aa  444  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  41.49 
 
 
518 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  42.94 
 
 
518 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  41.68 
 
 
518 aa  443  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  41.8 
 
 
518 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  41.8 
 
 
518 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  42.94 
 
 
518 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  42.94 
 
 
518 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  42.45 
 
 
497 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  43.5 
 
 
518 aa  433  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  33.61 
 
 
506 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  30.35 
 
 
521 aa  225  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  33.4 
 
 
506 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  30.35 
 
 
523 aa  223  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  31.48 
 
 
506 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 
506 aa  220  5e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.18 
 
 
532 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  28.99 
 
 
532 aa  212  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  28.99 
 
 
532 aa  212  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.99 
 
 
532 aa  212  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  28.99 
 
 
532 aa  212  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  34.32 
 
 
500 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  29.23 
 
 
528 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  39.93 
 
 
516 aa  210  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  30.49 
 
 
515 aa  209  8e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  28.44 
 
 
511 aa  209  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  31.06 
 
 
534 aa  209  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  28.87 
 
 
532 aa  208  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  28.84 
 
 
528 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  39.56 
 
 
516 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.64 
 
 
516 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.64 
 
 
516 aa  206  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  30.65 
 
 
535 aa  206  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  39.19 
 
 
516 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  29.07 
 
 
532 aa  204  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  30.68 
 
 
526 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  40.55 
 
 
514 aa  199  7e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  26.91 
 
 
533 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.72 
 
 
533 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.24 
 
 
504 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.72 
 
 
533 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  31.8 
 
 
519 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  29.73 
 
 
520 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  29.7 
 
 
528 aa  197  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  28.29 
 
 
474 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  29.55 
 
 
501 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.18 
 
 
521 aa  192  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  28.98 
 
 
528 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  29.06 
 
 
507 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  29.18 
 
 
521 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  29.25 
 
 
521 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  29.06 
 
 
507 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.18 
 
 
521 aa  191  4e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  28.35 
 
 
460 aa  190  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  29.45 
 
 
538 aa  189  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  27.99 
 
 
506 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  37.6 
 
 
525 aa  179  7e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.28 
 
 
486 aa  176  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  28.01 
 
 
534 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  27.81 
 
 
534 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  37.12 
 
 
512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  27.81 
 
 
534 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1351  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.34 
 
 
904 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0180215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.73 
 
 
780 aa  173  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  36.88 
 
 
1093 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  27.08 
 
 
588 aa  171  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  34.69 
 
 
532 aa  170  7e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  36.51 
 
 
532 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.83 
 
 
568 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.18 
 
 
1036 aa  166  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.6 
 
 
1497 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.6 
 
 
1497 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.996532 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.6 
 
 
1490 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  35.12 
 
 
687 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.12 
 
 
694 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.01 
 
 
1494 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.01 
 
 
1466 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.12 
 
 
685 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  35.46 
 
 
1061 aa  163  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  35.2 
 
 
490 aa  163  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1496  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 
741 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 
873 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.602276 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.2 
 
 
1497 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.86 
 
 
797 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  37.35 
 
 
1491 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  33.59 
 
 
538 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  25.96 
 
 
546 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.99 
 
 
872 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 
693 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.33 
 
 
1487 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.89086 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 
693 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  27.54 
 
 
522 aa  161  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>