More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2088 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01732  DNA topoisomerase III  83 
 
 		 653 aa  1117    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00246982  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1879  DNA topoisomerase III  83 
 
 		 653 aa  1117    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000411002  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3275  DNA topoisomerase III  52.96 
 
 		 670 aa  666    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.287374  normal  0.133974 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1979  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 641 aa  1323    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000598454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4792  DNA topoisomerase III  51.82 
 
 		 649 aa  681    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3061  DNA topoisomerase III  55.17 
 
 		 702 aa  708    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2088  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 642 aa  1326    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00112487  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1966  DNA topoisomerase III  80.81 
 
 		 640 aa  1091    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1869  DNA topoisomerase III  83 
 
 		 653 aa  1117    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000214138  decreased coverage  0.00000617518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2976  DNA topoisomerase III  53.27 
 
 		 666 aa  706    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.930481 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2268  DNA topoisomerase III  85.47 
 
 		 641 aa  1145    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1392  DNA topoisomerase III  83.52 
 
 		 649 aa  1110    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.213648  normal  0.301409 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2483  DNA topoisomerase III  82.84 
 
 		 653 aa  1117    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000298229  normal  0.566589 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1986  DNA topoisomerase III  82.84 
 
 		 653 aa  1115    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136291  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1630  DNA topoisomerase III  58.06 
 
 		 647 aa  748    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000168302  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002917  DNA topoisomerase III  58.41 
 
 		 655 aa  765    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1684  DNA topoisomerase III  81.92 
 
 		 634 aa  1074    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1425  DNA topoisomerase III  83.52 
 
 		 649 aa  1110    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.864642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03041  DNA topoisomerase III  57.9 
 
 		 654 aa  756    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1972  DNA topoisomerase III  85.47 
 
 		 641 aa  1143    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1428  DNA topoisomerase III  83.15 
 
 		 651 aa  1113    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0037378  normal  0.804884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2208  DNA topoisomerase III  82.34 
 
 		 641 aa  1115    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.948709  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2830  DNA topoisomerase III  55.31 
 
 		 705 aa  701    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1409  DNA topoisomerase III  83.52 
 
 		 649 aa  1111    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0199719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1625  DNA topoisomerase III  54.29 
 
 		 672 aa  722    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1658  DNA topoisomerase III  53.02 
 
 		 679 aa  695    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1542  DNA topoisomerase III  55.88 
 
 		 645 aa  753    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2299  DNA topoisomerase III  54.55 
 
 		 670 aa  703    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2400  DNA topoisomerase III  56.62 
 
 		 668 aa  751    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0776  DNA topoisomerase III  53.66 
 
 		 645 aa  682    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000730539  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2343  DNA topoisomerase III  99.84 
 
 		 641 aa  1321    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000133374  normal  0.0757376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1623  DNA topoisomerase III  54.11 
 
 		 705 aa  703    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.730482 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01720  hypothetical protein  83 
 
 		 653 aa  1117    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00317357  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2753  DNA topoisomerase III  55.47 
 
 		 705 aa  701    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1310  DNA topoisomerase III  65.18 
 
 		 632 aa  838    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00570993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1433  DNA topoisomerase III  55.17 
 
 		 706 aa  706    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1498  DNA topoisomerase III  55.17 
 
 		 732 aa  702    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2736  DNA topoisomerase III  55.16 
 
 		 705 aa  703    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1401  DNA topoisomerase III  54.65 
 
 		 653 aa  709    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2155  DNA topoisomerase III  54.92 
 
 		 647 aa  702    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2048  DNA topoisomerase III  83.52 
 
 		 649 aa  1111    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.177023  normal  0.939846 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2435  DNA topoisomerase III  55.31 
 
 		 708 aa  697    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.874224  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1486  DNA topoisomerase III  55.02 
 
 		 704 aa  700    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.892881 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2018  DNA topoisomerase III  83 
 
 		 653 aa  1118    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000256516  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2145  DNA topoisomerase III  54.01 
 
 		 694 aa  689    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.393649  normal  0.847419 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2461  DNA topoisomerase III  53.67 
 
 		 643 aa  692    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.42133  normal  0.125855 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2718  DNA topoisomerase III  88.09 
 
 		 641 aa  1174    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.94815  hitchhiker  0.00169428 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1847  DNA topoisomerase III  83 
 
 		 653 aa  1117    Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000137821  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1877  DNA topoisomerase III  84.13 
 
 		 649 aa  1110    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000540839  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  51.14 
 
 		 722 aa  570  1e-161  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2146  DNA topoisomerase III  47.1 
 
 		 654 aa  558  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.232139  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4019  DNA topoisomerase III  41.14 
 
 		 653 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  42.26 
 
 		 655 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3624  DNA topoisomerase III  41.14 
 
 		 652 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203006  normal  0.930533 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  40.26 
 
 		 680 aa  462  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  41.74 
 
 		 744 aa  465  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0283  DNA topoisomerase III  42.07 
 
 		 684 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.860324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3423  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 654 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0023  DNA topoisomerase III  40.61 
 
 		 679 aa  462  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1814  DNA topoisomerase III  42.83 
 
 		 653 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230615  normal  0.182925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1738  DNA topoisomerase III  41.91 
 
 		 699 aa  457  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2478  DNA topoisomerase III  40.66 
 
 		 662 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1425  DNA topoisomerase III  41.32 
 
 		 683 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.771336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27190  DNA topoisomerase III  40.4 
 
 		 650 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  40.44 
 
 		 670 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  40.79 
 
 		 670 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4319  DNA topoisomerase III  40 
 
 		 687 aa  450  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.535821  normal  0.574882 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  39.78 
 
 		 671 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  40.12 
 
 		 671 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  40.25 
 
 		 670 aa  445  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6523  DNA topoisomerase III  40.16 
 
 		 687 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.728561  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6614  DNA topoisomerase III  40.16 
 
 		 687 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  39.94 
 
 		 666 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  40.71 
 
 		 676 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1473  DNA topoisomerase III  40.16 
 
 		 673 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199053 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2244  DNA topoisomerase III  40.09 
 
 		 656 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275193  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  40.71 
 
 		 676 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1737  DNA topoisomerase III  41.26 
 
 		 676 aa  442  9.999999999999999e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  40.85 
 
 		 670 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  40.85 
 
 		 670 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  39.82 
 
 		 671 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3364  DNA topoisomerase III  40.87 
 
 		 647 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  39.6 
 
 		 671 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4425  DNA topoisomerase III  38.56 
 
 		 707 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.669794  normal  0.110888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3295  DNA topoisomerase III  42.28 
 
 		 655 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.17428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2246  DNA topoisomerase III  39 
 
 		 685 aa  422  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.205011  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4716  DNA topoisomerase III  39.45 
 
 		 689 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4107  DNA topoisomerase III  39.06 
 
 		 679 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0727596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0618  DNA topoisomerase III  39.26 
 
 		 669 aa  419  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0310  DNA topoisomerase III  38.96 
 
 		 679 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000929429 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  37 
 
 		 730 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  41.18 
 
 		 654 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  38.09 
 
 		 680 aa  405  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0003  DNA topoisomerase 3  38.51 
 
 		 717 aa  393  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000970275  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0022  DNA topoisomerase III  39.26 
 
 		 718 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.995092 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0087  DNA topoisomerase III  38.35 
 
 		 717 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.451504 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08201  DNA topoisomerase III  36.03 
 
 		 734 aa  388  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0045  DNA topoisomerase III  34.58 
 
 		 730 aa  367  1e-100  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0221365  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0121  DNA topoisomerase 3  37.5 
 
 		 733 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.488261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  37.29 
 
 		 701 aa  361  2e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>