More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2000 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  72.33 
 
 
566 aa  821    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  99.82 
 
 
567 aa  1169    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  72.33 
 
 
566 aa  818    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  72.15 
 
 
566 aa  818    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  81.77 
 
 
561 aa  902    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  65.7 
 
 
564 aa  739    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  79.53 
 
 
561 aa  908    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  72.33 
 
 
566 aa  821    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  100 
 
 
567 aa  1173    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  72.5 
 
 
569 aa  820    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  72.15 
 
 
566 aa  819    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  72.15 
 
 
566 aa  819    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  99.12 
 
 
567 aa  1163    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  79.32 
 
 
566 aa  913    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  72.33 
 
 
566 aa  819    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  72.31 
 
 
569 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  72.5 
 
 
569 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  72.15 
 
 
566 aa  819    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  78.78 
 
 
561 aa  910    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  79.32 
 
 
563 aa  900    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  72.33 
 
 
566 aa  821    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  72.5 
 
 
569 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  71.95 
 
 
569 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  74.09 
 
 
569 aa  828    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  51.96 
 
 
544 aa  578  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  52.01 
 
 
557 aa  568  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  52.01 
 
 
557 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  51.46 
 
 
557 aa  565  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  52.5 
 
 
555 aa  561  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  50.47 
 
 
554 aa  558  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  52.36 
 
 
547 aa  560  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  49.82 
 
 
557 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  50.73 
 
 
557 aa  549  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  48.52 
 
 
557 aa  547  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  46.73 
 
 
563 aa  511  1e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  42.53 
 
 
570 aa  436  1e-121  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  44.16 
 
 
562 aa  424  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  42.8 
 
 
553 aa  400  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  32.92 
 
 
564 aa  281  2e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  32.79 
 
 
562 aa  271  2e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  31.34 
 
 
556 aa  266  1e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  33.46 
 
 
564 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  32.96 
 
 
529 aa  248  3e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  32.86 
 
 
554 aa  241  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  31.19 
 
 
585 aa  241  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  31.42 
 
 
577 aa  237  4e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  33.2 
 
 
517 aa  235  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  33.86 
 
 
556 aa  230  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  33.88 
 
 
572 aa  230  5e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  31.6 
 
 
579 aa  229  1e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  30.46 
 
 
536 aa  226  7e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  34.35 
 
 
564 aa  223  9.999999999999999e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  28.62 
 
 
546 aa  218  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  28.62 
 
 
546 aa  218  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  33.21 
 
 
551 aa  216  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  32.24 
 
 
567 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  33.27 
 
 
556 aa  202  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  31.63 
 
 
598 aa  199  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  27.59 
 
 
543 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  25.49 
 
 
545 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  25.49 
 
 
545 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  25.49 
 
 
545 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  26.94 
 
 
501 aa  118  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  25.58 
 
 
545 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  27.22 
 
 
528 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  27.6 
 
 
543 aa  111  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  25.33 
 
 
544 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  27.81 
 
 
542 aa  110  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  27.81 
 
 
526 aa  110  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  25.79 
 
 
544 aa  109  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  25.92 
 
 
547 aa  108  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  25.88 
 
 
502 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  28.03 
 
 
497 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  26.54 
 
 
547 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  25.62 
 
 
545 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  26.54 
 
 
534 aa  100  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  26.54 
 
 
534 aa  100  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  22.22 
 
 
500 aa  98.2  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  24.72 
 
 
538 aa  97.1  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  27.24 
 
 
526 aa  95.1  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  24.85 
 
 
544 aa  93.2  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  23.37 
 
 
438 aa  92  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  25.63 
 
 
524 aa  89.4  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  25.43 
 
 
527 aa  88.2  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  25.25 
 
 
512 aa  87.4  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  26.29 
 
 
527 aa  87  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  24.83 
 
 
529 aa  86.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  25 
 
 
482 aa  82.8  0.00000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  23.63 
 
 
544 aa  81.6  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  22.74 
 
 
518 aa  82  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1997  carbohydrate kinase FGGY  22.26 
 
 
505 aa  81.3  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2625  carbohydrate kinase, FGGY  26.49 
 
 
505 aa  81.6  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0502  xylulokinase  28.09 
 
 
496 aa  81.3  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0394254  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29860  pentulose/hexulose kinase  26.44 
 
 
495 aa  80.5  0.00000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09580  L-fuculokinase  24.75 
 
 
511 aa  80.5  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0833  carbohydrate kinase, FGGY  27.61 
 
 
498 aa  80.1  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632303  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  26.29 
 
 
528 aa  80.1  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  24.13 
 
 
540 aa  79.7  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2391  carbohydrate kinase FGGY  21.36 
 
 
497 aa  78.6  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2179  xylulokinase  23.19 
 
 
512 aa  78.6  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>