42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1978 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1866  putative lipoprotein  100 
 
 
81 aa  165  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.380587  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1978  hypothetical protein  100 
 
 
81 aa  165  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2047  hypothetical protein  81.58 
 
 
99 aa  132  2e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.58796  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2348  protein of unknown function DUF1161  77.63 
 
 
99 aa  125  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0734587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2287  hypothetical protein  74.07 
 
 
99 aa  110  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.581358  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1926  hypothetical protein  60.49 
 
 
101 aa  98.2  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.704459  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1772  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  87  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1614  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1793  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1659  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01545  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2044  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01555  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.41179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2057  protein of unknown function DUF1161  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.927614  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2295  hypothetical protein  63.79 
 
 
101 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  2.98038e-08 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1611  hypothetical protein  59.68 
 
 
101 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1672  putative outer membrane protein  59.68 
 
 
101 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.147833  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1602  putative outer membrane protein  59.68 
 
 
101 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.985432 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1670  hypothetical protein  59.68 
 
 
101 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1839  putative outer membrane protein  61.67 
 
 
101 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.549082  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00720  hypothetical protein  50.67 
 
 
77 aa  63.2  1e-09  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0099  hypothetical protein  48.68 
 
 
74 aa  61.6  4e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0060  hypothetical protein  49.33 
 
 
77 aa  59.3  2e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4456  hypothetical protein  44.29 
 
 
76 aa  53.9  7e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0105  hypothetical protein  46.05 
 
 
73 aa  53.9  8e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0108  hypothetical protein  42.42 
 
 
76 aa  53.5  9e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72225  hitchhiker  0.00358532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0151  hypothetical protein  41.56 
 
 
77 aa  53.1  1e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0102  hypothetical protein  44.59 
 
 
73 aa  52.4  2e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0087  hypothetical protein  43.24 
 
 
87 aa  52.4  2e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0102  hypothetical protein  44.59 
 
 
73 aa  52.4  2e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  5.05882e-07 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0090  hypothetical protein  43.94 
 
 
98 aa  52  3e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420006 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0041  hypothetical protein  40 
 
 
77 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0105  hypothetical protein  42.42 
 
 
77 aa  50.4  8e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0041  hypothetical protein  42.67 
 
 
75 aa  50.4  9e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00480  hypothetical protein  42.67 
 
 
75 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.659368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0105  hypothetical protein  40.91 
 
 
77 aa  49.7  2e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  4.14235e-06 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01140  hypothetical protein  45 
 
 
99 aa  47  8e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.147153  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0154  hypothetical protein  40.26 
 
 
74 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2124  hypothetical protein  36.51 
 
 
140 aa  44.3  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0038  hypothetical protein  37.66 
 
 
74 aa  41.6  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0096  hypothetical protein  32.84 
 
 
79 aa  40.8  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3978  protein of unknown function DUF1161  37.66 
 
 
110 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.234117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>