294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1788 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 870 aa  1781    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  99.89 
 
 		 870 aa  1778    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.25 
 
 		 852 aa  653    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.81 
 
 		 872 aa  640    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.73 
 
 		 850 aa  669    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.05 
 
 		 867 aa  676    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.44 
 
 		 886 aa  618  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.83 
 
 		 852 aa  612  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.23 
 
 		 1040 aa  604  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.49 
 
 		 880 aa  605  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.78 
 
 		 866 aa  597  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  40.05 
 
 		 901 aa  595  1e-168  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.93 
 
 		 901 aa  594  1e-168  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.54 
 
 		 866 aa  592  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.02 
 
 		 963 aa  583  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.38 
 
 		 861 aa  578  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.53 
 
 		 884 aa  559  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.2 
 
 		 930 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  39.05 
 
 		 913 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  39.19 
 
 		 939 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  39.17 
 
 		 914 aa  532  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  39.05 
 
 		 914 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.48 
 
 		 851 aa  527  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  38.99 
 
 		 842 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.1 
 
 		 856 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  37.78 
 
 		 844 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  39.25 
 
 		 868 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  38.14 
 
 		 872 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  36.75 
 
 		 865 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.23 
 
 		 883 aa  483  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  34.34 
 
 		 883 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  35.31 
 
 		 854 aa  481  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  34.34 
 
 		 875 aa  482  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  35.04 
 
 		 854 aa  480  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.04 
 
 		 863 aa  479  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  36 
 
 		 866 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.29 
 
 		 865 aa  474  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  36 
 
 		 861 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  36.08 
 
 		 866 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.1 
 
 		 871 aa  467  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.41 
 
 		 819 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  34.51 
 
 		 863 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  34.02 
 
 		 878 aa  459  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  34.73 
 
 		 878 aa  459  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  34.73 
 
 		 878 aa  459  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  33.49 
 
 		 871 aa  459  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  34.24 
 
 		 856 aa  457  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.61 
 
 		 878 aa  455  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  34.02 
 
 		 866 aa  455  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.33 
 
 		 851 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  35 
 
 		 870 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  35.01 
 
 		 870 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  34.89 
 
 		 870 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  34.88 
 
 		 870 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  34.54 
 
 		 839 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.65 
 
 		 844 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  34.88 
 
 		 870 aa  446  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  34.53 
 
 		 866 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  34.01 
 
 		 866 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.87 
 
 		 837 aa  442  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.04 
 
 		 840 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  34.51 
 
 		 866 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.01 
 
 		 833 aa  440  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  34.51 
 
 		 866 aa  438  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  34.4 
 
 		 866 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  34.19 
 
 		 839 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.84 
 
 		 880 aa  439  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.43 
 
 		 864 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  34.17 
 
 		 866 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.17 
 
 		 866 aa  436  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  34.17 
 
 		 866 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.88 
 
 		 929 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  33.93 
 
 		 888 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.8 
 
 		 850 aa  436  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  34.06 
 
 		 866 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.87 
 
 		 876 aa  432  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  31.91 
 
 		 869 aa  428  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.76 
 
 		 887 aa  429  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  31.79 
 
 		 869 aa  424  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.37 
 
 		 828 aa  426  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.79 
 
 		 869 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.29 
 
 		 877 aa  424  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  31.68 
 
 		 869 aa  422  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.52 
 
 		 867 aa  422  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.28 
 
 		 835 aa  422  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.38 
 
 		 836 aa  422  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  31.68 
 
 		 869 aa  422  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  35.88 
 
 		 740 aa  422  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  33.82 
 
 		 839 aa  420  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  32.12 
 
 		 829 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2496  fimbrial usher protein  32.35 
 
 		 828 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.775864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2339  fimbrial usher protein  32.47 
 
 		 828 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.365526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  32.12 
 
 		 829 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  32.99 
 
 		 851 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  33.7 
 
 		 840 aa  413  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2388  fimbrial usher protein  32.35 
 
 		 828 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.769414 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  31.56 
 
 		 869 aa  416  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.84 
 
 		 890 aa  416  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  33.29 
 
 		 866 aa  416  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  34.45 
 
 		 833 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>