163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1628 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  275  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0281  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 78 aa  57  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0335018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 137 aa  57  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 142 aa  53.5  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 194 aa  51.6  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 125 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0355  hypothetical protein  33.73 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  38.33 
 
 		 200 aa  49.7  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 115 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  42.59 
 
 		 401 aa  49.7  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.86 
 
 		 481 aa  49.3  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  42.37 
 
 		 459 aa  49.3  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  36.07 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  38.33 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  36.67 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 321 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  27.18 
 
 		 227 aa  48.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 346 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 149 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 362 aa  48.1  0.00004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0468  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 82 aa  48.1  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000157698  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  36.67 
 
 		 149 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 261 aa  48.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2730  putative DNA-binding protein  28.57 
 
 		 117 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000010572  hitchhiker  0.0000267972 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 146 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  29.87 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 		 490 aa  47.4  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2433  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213647 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  30.26 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 312 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 189 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  32.29 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 204 aa  47  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 132 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  31.51 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1714  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000253714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2470  transcriptional regulator, XRE family  29.46 
 
 		 113 aa  45.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.452519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15940  predicted transcriptional regulator  40.98 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0473945  hitchhiker  0.000000239728 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 371 aa  45.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  34.29 
 
 		 301 aa  45.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 151 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1067  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0145003  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 206 aa  44.7  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  32.43 
 
 		 436 aa  44.7  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 200 aa  44.3  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0039  PbsX family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81047  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 205 aa  43.9  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 113 aa  43.9  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 152 aa  43.9  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 82 aa  43.9  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  32.1 
 
 		 489 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 320 aa  43.9  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 359 aa  43.5  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 262 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  35 
 
 		 252 aa  43.5  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  30.43 
 
 		 296 aa  43.5  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0029  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0853  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0869  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  31.15 
 
 		 338 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  33.33 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0471  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.38 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000142015  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 268 aa  42.7  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 192 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  35.38 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  30.26 
 
 		 114 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  35.38 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0656  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  39.29 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  32.81 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  32.81 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  28.81 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 260 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00000450158  hitchhiker  0.000000420846 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  35.59 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>