127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0948 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  100 
 
 
66 aa  137  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  100 
 
 
66 aa  137  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
66 aa  137  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  60.34 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  62.07 
 
 
65 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  55.74 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  55.74 
 
 
72 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  55.74 
 
 
72 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  59.32 
 
 
68 aa  82  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  59.65 
 
 
72 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  54.72 
 
 
72 aa  74.7  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  54.72 
 
 
68 aa  74.3  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4777  hypothetical protein  53.23 
 
 
76 aa  71.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.606513  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  49.12 
 
 
76 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  48.15 
 
 
86 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
61 aa  60.1  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 
73 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  44.07 
 
 
67 aa  57.8  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  48.15 
 
 
86 aa  58.2  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  42.62 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  45.9 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 
66 aa  56.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 
65 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 
88 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 
70 aa  56.2  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
74 aa  56.2  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
88 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 
62 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
66 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 
60 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 
88 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  38.98 
 
 
88 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  38.6 
 
 
88 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 
75 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 
71 aa  53.9  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
67 aa  53.9  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
64 aa  53.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 
75 aa  52.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
64 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  40.32 
 
 
86 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 
66 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
71 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  38.71 
 
 
86 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  45.28 
 
 
103 aa  52  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  37.1 
 
 
70 aa  51.6  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  40 
 
 
68 aa  52  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4148  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 
55 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260842  normal  0.601946 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  34.48 
 
 
66 aa  50.8  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 
70 aa  50.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 
70 aa  50.4  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4782  AlpA family transcriptional regulator  41.38 
 
 
77 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.320716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 
81 aa  50.4  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 
78 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
70 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3391  prophage CP4-57 regulatory protein  41.38 
 
 
76 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  35 
 
 
95 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  42 
 
 
72 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
64 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
79 aa  50.1  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3196  AlpA family transcriptional regulator  41.38 
 
 
78 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 
72 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  36.21 
 
 
88 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 
70 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2878  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
68 aa  48.9  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.891339  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3140  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
68 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  33.33 
 
 
87 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 
70 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 
70 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01121  hypothetical protein  38.3 
 
 
81 aa  48.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4693  AlpA family transcriptional regulator  45.83 
 
 
57 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  35.09 
 
 
72 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
72 aa  47.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 
70 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 
86 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 
61 aa  47.4  0.00006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2530  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 
71 aa  47.4  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 
70 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 
75 aa  47  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  35.29 
 
 
98 aa  46.6  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  33.9 
 
 
72 aa  46.2  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  40.82 
 
 
80 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  32.08 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  31.58 
 
 
88 aa  45.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 
71 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0763  AlpA family protein  37.29 
 
 
69 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
56 aa  46.2  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  31.58 
 
 
88 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  29.09 
 
 
75 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 
72 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
71 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  28.81 
 
 
86 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
71 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
71 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17020  Prophage CP4-57 regulatory , AlpA-like protein  36.92 
 
 
77 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 
71 aa  44.7  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1076  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  36.84 
 
 
68 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.154592 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>