More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0417 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0417  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 309 aa  626  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.994196  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0349  putative ribokinase  99.68 
 
 		 309 aa  624  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1888  PfkB  40.13 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.389987  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  37.92 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  38.8 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  37.79 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  38.13 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  38.41 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  39 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  37.54 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  37.29 
 
 		 308 aa  178  8e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0545  ribokinase-like domain-containing protein  39.2 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.747031  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  37.33 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  33.22 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  37.88 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  37.34 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  33.77 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  31 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  35 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  35.1 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  34.45 
 
 		 310 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  35.33 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  36.63 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  34.11 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  35 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  33.44 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  35 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  34.9 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  35 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  35 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  35 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  31 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  35 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  35 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  34.45 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  39.15 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  34.67 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  39.15 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0576  ribokinase  39.5 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  38.38 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  39.15 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  39.15 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  39.15 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  34.67 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0794  ribokinase  39.15 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  38.79 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  37.84 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  38.79 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  37.27 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  35.86 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  37.71 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  34.77 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  35.97 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  33.55 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  33.55 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0579  ribokinase  38.43 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  33.55 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  37.54 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  34.44 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  33.55 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  34.45 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  33.55 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  35.86 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  35.23 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  34.08 
 
 		 317 aa  160  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  35.43 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  35.03 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  36.39 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  34.22 
 
 		 311 aa  158  9e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  34.8 
 
 		 290 aa  158  9e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  34.8 
 
 		 315 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  36.21 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  36 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  33.56 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  31.79 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  34.11 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  33.95 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1554  ribokinase  33.66 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  35.35 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  31.46 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  35.35 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  35.35 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  32.89 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  32.23 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  32.89 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  32.89 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  34.11 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  30.75 
 
 		 345 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  32.12 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  34.23 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  33.78 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  36.13 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1257  ribokinase  33.22 
 
 		 310 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0987  ribokinase  35.59 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.135221  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  33.77 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2451  ribokinase  33.22 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.909418  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  33.01 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  35.86 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1183  ribokinase  33.22 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.451251  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  37.14 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>