More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0225 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  100 
 
 
173 aa  348  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  7.52096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  100 
 
 
173 aa  348  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  100 
 
 
173 aa  348  3e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.4395e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  99.42 
 
 
173 aa  346  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.16276e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  98.27 
 
 
173 aa  342  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  95.38 
 
 
225 aa  339  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.28588e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  95.38 
 
 
225 aa  338  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.38429e-10  normal  0.0827574 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  95.38 
 
 
225 aa  338  1e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  2.63169e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  95.95 
 
 
173 aa  336  8e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  336  1e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  1.06668e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  335  1e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  5.04262e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  335  1e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  2.8278e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  335  1e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  7.16125e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  336  1e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.04187e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  336  1e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  336  1e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.93059e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  335  1e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  335  1e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  95.38 
 
 
173 aa  336  1e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  95.38 
 
 
173 aa  336  1e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0260  Shikimate kinase  96.53 
 
 
189 aa  313  9e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0179047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0338  Shikimate kinase  94.8 
 
 
189 aa  310  8e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  86.13 
 
 
173 aa  307  4e-83  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  83.24 
 
 
174 aa  293  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.84461e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  85.38 
 
 
172 aa  292  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  83.63 
 
 
172 aa  289  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  80.59 
 
 
171 aa  281  5e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  80 
 
 
171 aa  280  8e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.03243e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  80.59 
 
 
171 aa  280  9e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.1554e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  80.59 
 
 
171 aa  279  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.25658e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  80.59 
 
 
171 aa  280  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.13438e-09  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  80.59 
 
 
171 aa  279  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.94714e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  80 
 
 
171 aa  279  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.0137e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  80 
 
 
171 aa  279  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.83652e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  80 
 
 
171 aa  279  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.34252e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  80 
 
 
171 aa  279  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.58948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  80 
 
 
171 aa  279  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  5.58194e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  79.41 
 
 
171 aa  276  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  79.41 
 
 
171 aa  276  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.06831e-08  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  80 
 
 
171 aa  276  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  78.82 
 
 
171 aa  276  1e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.54257e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  77.65 
 
 
171 aa  273  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  75.44 
 
 
172 aa  271  5e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  73.53 
 
 
171 aa  264  5e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  7.02686e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  74.25 
 
 
171 aa  261  5e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.17623e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  68.42 
 
 
171 aa  248  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  71.25 
 
 
163 aa  242  2e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002327  shikimate kinase I  81.69 
 
 
143 aa  232  2e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.18825e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  60.24 
 
 
175 aa  207  5e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  60.24 
 
 
175 aa  207  5e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  54.91 
 
 
179 aa  192  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  54.6 
 
 
177 aa  188  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  56.63 
 
 
172 aa  185  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  53.57 
 
 
172 aa  184  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  55.42 
 
 
172 aa  184  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  54.94 
 
 
180 aa  181  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  55.42 
 
 
190 aa  181  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  50.29 
 
 
186 aa  180  1e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  50.88 
 
 
186 aa  179  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  53.22 
 
 
179 aa  179  3e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  52.73 
 
 
172 aa  178  3e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  52.1 
 
 
169 aa  178  3e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  51.79 
 
 
174 aa  178  3e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  52.73 
 
 
172 aa  178  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  55.35 
 
 
163 aa  177  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  52.41 
 
 
172 aa  174  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  53.33 
 
 
190 aa  174  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  50.9 
 
 
172 aa  172  2e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  50.9 
 
 
172 aa  172  2e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  51.81 
 
 
167 aa  169  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  50.59 
 
 
229 aa  167  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  51.81 
 
 
183 aa  166  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  45.83 
 
 
180 aa  165  3e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  50 
 
 
184 aa  164  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  50.93 
 
 
170 aa  164  6e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  51.2 
 
 
183 aa  164  6e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  50 
 
 
199 aa  164  7e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  50 
 
 
192 aa  164  7e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  50 
 
 
209 aa  164  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  50.6 
 
 
184 aa  164  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  50.6 
 
 
184 aa  163  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  50 
 
 
184 aa  163  1e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  50 
 
 
177 aa  162  2e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  50 
 
 
177 aa  162  2e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  50 
 
 
177 aa  162  2e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  50 
 
 
177 aa  162  2e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  50 
 
 
177 aa  162  2e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  50 
 
 
183 aa  161  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  2.52706e-08 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  50.63 
 
 
183 aa  159  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  49.06 
 
 
163 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  48.8 
 
 
190 aa  158  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  49.69 
 
 
163 aa  157  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  51.52 
 
 
196 aa  155  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  49.69 
 
 
169 aa  154  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  50.31 
 
 
169 aa  154  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  49.69 
 
 
169 aa  153  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  47.65 
 
 
172 aa  152  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  43.43 
 
 
182 aa  152  3e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  6.85723e-07 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  45.12 
 
 
179 aa  150  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  44.97 
 
 
195 aa  149  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>