90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0072 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_0072  hypothetical protein  100 
 
 
414 aa  862    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4090  hypothetical protein  99.52 
 
 
414 aa  859    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.572464  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4142  hypothetical protein  99.76 
 
 
414 aa  861    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.16964  normal  0.023954 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2162  hypothetical protein  58.15 
 
 
414 aa  498  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0416  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.86 
 
 
726 aa  325  9e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0147603  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1007  hypothetical protein  35.84 
 
 
427 aa  230  4e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0344  phosphoribosylglycinamide synthetase  34.94 
 
 
424 aa  221  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5879  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.85 
 
 
422 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.521142  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5515  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.85 
 
 
422 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330375  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2432  hypothetical protein  31.75 
 
 
430 aa  190  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6388  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.37 
 
 
422 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.357309  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0996  phosphoribosylglycinamide synthetase  31.58 
 
 
541 aa  183  5.0000000000000004e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000037072 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37283  predicted protein  30.86 
 
 
1033 aa  173  3.9999999999999995e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2135  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.8 
 
 
412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165665  normal  0.504192 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0240  hypothetical protein  28.22 
 
 
410 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0240  hypothetical protein  28.47 
 
 
410 aa  139  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0875  hypothetical protein  28.68 
 
 
420 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.728931 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44930  predicted protein  30.75 
 
 
575 aa  125  2e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.541672  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0912  biotin carboxylase-like protein  24.75 
 
 
410 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.527326 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0292  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp  25.9 
 
 
407 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0170  phosphoribosylglycinamide synthetase ATP-grasp domain-containing protein  25.9 
 
 
407 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2663  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  29.9 
 
 
413 aa  72.4  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2668  phosphoribosylglycinamide synthetase  30.85 
 
 
415 aa  69.7  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2987  phosphoribosylglycinamide synthetase  28.11 
 
 
410 aa  69.3  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000000875543  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2144  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.05 
 
 
416 aa  62.4  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0250211 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4500  Cysteine synthase  24.12 
 
 
756 aa  61.2  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.632569  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2148  hypothetical protein  26.56 
 
 
414 aa  60.5  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1164  protein of unknown function DUF201  24.41 
 
 
437 aa  60.5  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2020  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.05 
 
 
407 aa  59.3  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7725  hypothetical protein  26.61 
 
 
411 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10668  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0418  hypothetical protein  31.29 
 
 
411 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0200  hypothetical protein  23.93 
 
 
405 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214933  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5882  phosphoribosylglycinamide synthetase  30.59 
 
 
403 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.47867 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5518  phosphoribosylglycinamide synthetase  30.59 
 
 
403 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398662  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4648  protein of unknown function DUF201  25.67 
 
 
404 aa  57  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.896666  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0177  hypothetical protein  24.69 
 
 
411 aa  56.6  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2438  hypothetical protein  31.29 
 
 
410 aa  56.2  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.658373 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2251  phosphoribosylglycinamide synthetase  27 
 
 
418 aa  55.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000511987 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2428  protein of unknown function DUF201  24.69 
 
 
402 aa  55.1  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.281403  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6153  protein of unknown function DUF201  25 
 
 
397 aa  55.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6391  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.59 
 
 
403 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.782672  normal  0.167257 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2440  biotin carboxylase-like  23.94 
 
 
424 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0597  phosphoribosylamine/glycine ligase  25.86 
 
 
424 aa  53.9  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1971  argininosuccinate lyase  26.96 
 
 
891 aa  53.9  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3192  argininosuccinate lyase  27.71 
 
 
924 aa  53.1  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.655648  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3759  protein of unknown function DUF201  29.45 
 
 
425 aa  53.1  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0730  hypothetical protein  22.42 
 
 
436 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3626  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  27.56 
 
 
432 aa  52.4  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4069  phosphoribosylglycinamide synthetase ATP-grasp domain-containing protein  24.9 
 
 
389 aa  52.8  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1396  argininosuccinate lyase  27.47 
 
 
926 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1270  protein of unknown function DUF201  24.87 
 
 
399 aa  51.6  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.964812  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1724  protein of unknown function DUF201  26.18 
 
 
401 aa  51.2  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2022  argininosuccinate lyase  27.83 
 
 
900 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10658  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2646  argininosuccinate lyase  27 
 
 
904 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2158  argininosuccinate lyase  27.83 
 
 
914 aa  51.2  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1913  phosphoribosylamine/glycine ligase  27.03 
 
 
417 aa  51.2  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2002  argininosuccinate lyase  27.83 
 
 
900 aa  51.2  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.848902  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2507  argininosuccinate lyase  26.78 
 
 
912 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2560  argininosuccinate lyase  27 
 
 
904 aa  50.4  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2370  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.06 
 
 
313 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2282  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.06 
 
 
313 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3242  hypothetical protein  26.72 
 
 
432 aa  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0021  hypothetical protein  24.37 
 
 
382 aa  50.1  0.00007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1423  protein of unknown function DUF201  24.71 
 
 
424 aa  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1581  S6 modification enzyme RimK  27.34 
 
 
313 aa  49.7  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.683283  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1518  protein of unknown function DUF201  24.71 
 
 
424 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37420  biotin carboxylase  23.33 
 
 
405 aa  49.7  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.442231 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2122  argininosuccinate lyase  28.14 
 
 
894 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0449  putative glycolate oxidase  23.75 
 
 
404 aa  49.3  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8363  putative siderophore biosynthesis protein  26.09 
 
 
401 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1620  argininosuccinate lyase  28.48 
 
 
896 aa  48.9  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0194  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein ATP-grasp  24.1 
 
 
419 aa  48.5  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296569  normal  0.160479 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7724  putative biotin carboxylase  26.43 
 
 
430 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211642  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0264  phosphoribosylamine--glycine ligase  25.29 
 
 
430 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46971  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2737  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  27.15 
 
 
723 aa  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1432  hypothetical protein  27.23 
 
 
424 aa  47.8  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.502147  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0754  protein of unknown function DUF201  24.57 
 
 
409 aa  47.4  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09340  hypothetical protein  27.64 
 
 
399 aa  47  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.035454  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  23.14 
 
 
316 aa  47  0.0006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0424  phosphoribosylamine--glycine ligase  25 
 
 
426 aa  46.6  0.0008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1388  hypothetical protein  21.94 
 
 
395 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2232  alpha-L-glutamate ligase  28.44 
 
 
324 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.109123  hitchhiker  0.00523589 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01931  vibrioferrin biosynthesis protein PvsA  29.44 
 
 
399 aa  45.8  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1553  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp, putative  26.21 
 
 
267 aa  45.4  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0619  phosphoribosylglycinamide synthetase  24.32 
 
 
410 aa  44.7  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.241949  hitchhiker  0.00233057 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3552  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein  25.74 
 
 
373 aa  44.7  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138111  normal  0.272734 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4544  phosphoribosylamine--glycine ligase  27.54 
 
 
428 aa  44.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0421  hypothetical protein  20.9 
 
 
321 aa  44.3  0.004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0172  bifunctional glutamate--cysteine ligase/glutathione synthetase  27.73 
 
 
755 aa  43.9  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0244  bifunctional glutamate--cysteine ligase/glutathione synthetase  26.89 
 
 
755 aa  43.9  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>