More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0060 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  100 
 
 		 397 aa  830    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  79.49 
 
 		 392 aa  657    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  78.93 
 
 		 392 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 397 aa  830    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  86.15 
 
 		 392 aa  710    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  78.93 
 
 		 392 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  84.77 
 
 		 392 aa  693    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  100 
 
 		 397 aa  830    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  78.93 
 
 		 392 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  81.36 
 
 		 395 aa  671    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  78.93 
 
 		 392 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  81.86 
 
 		 409 aa  678    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  78.93 
 
 		 392 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  79.49 
 
 		 392 aa  657    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  84.77 
 
 		 392 aa  694    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  77.72 
 
 		 392 aa  643    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  57.36 
 
 		 390 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  55.53 
 
 		 393 aa  483  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  60.21 
 
 		 387 aa  475  1e-133  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  48.58 
 
 		 397 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 414 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  48.58 
 
 		 397 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  47.86 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 405 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.31 
 
 		 399 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  46.95 
 
 		 407 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  47.29 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  46.95 
 
 		 407 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 397 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  49.1 
 
 		 397 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  47.66 
 
 		 395 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 391 aa  362  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.22 
 
 		 386 aa  196  7e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.7 
 
 		 384 aa  195  1e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 401 aa  186  8e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.91 
 
 		 380 aa  173  5e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  31.04 
 
 		 385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 386 aa  166  5e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 445 aa  158  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 387 aa  154  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 380 aa  153  4e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.28 
 
 		 409 aa  152  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  24.75 
 
 		 386 aa  147  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 343 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 336 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  33.77 
 
 		 1370 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.65 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.41 
 
 		 294 aa  67  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 409 aa  65.5  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  28.73 
 
 		 332 aa  65.5  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  28.42 
 
 		 355 aa  65.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 341 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  29.01 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 760 aa  64.3  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  26.37 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 327 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0120  LacI family transcription regulator  28.34 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2961  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0159613  hitchhiker  0.000452365 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 532 aa  63.2  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 348 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 334 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 311 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  27.99 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 321 aa  62.8  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 245 aa  62.4  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.03 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.03 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 331 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 276 aa  62.4  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.03 
 
 		 310 aa  62  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  25.16 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>