129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0056 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  85.62 
 
 		 440 aa  808    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  85.39 
 
 		 440 aa  806    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  67.66 
 
 		 438 aa  637    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  68.12 
 
 		 440 aa  641    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  67.96 
 
 		 440 aa  645    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  71.3 
 
 		 439 aa  682    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  73.52 
 
 		 441 aa  704    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  67.73 
 
 		 440 aa  640    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  67.96 
 
 		 440 aa  645    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  87.9 
 
 		 440 aa  823    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  69.41 
 
 		 439 aa  661    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  100 
 
 		 439 aa  921    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  85.62 
 
 		 440 aa  808    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  85.62 
 
 		 440 aa  809    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  89.75 
 
 		 439 aa  833    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  85.16 
 
 		 440 aa  802    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  67.51 
 
 		 440 aa  640    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  99.77 
 
 		 439 aa  920    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  100 
 
 		 439 aa  921    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  85.62 
 
 		 440 aa  808    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  85.62 
 
 		 440 aa  808    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  67.96 
 
 		 440 aa  644    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  67.28 
 
 		 440 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  68.81 
 
 		 441 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  85.62 
 
 		 440 aa  809    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  67.43 
 
 		 440 aa  637    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  87.9 
 
 		 440 aa  820    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  87.9 
 
 		 440 aa  820    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  87.9 
 
 		 440 aa  820    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  87.9 
 
 		 440 aa  820    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  88.13 
 
 		 440 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  85.62 
 
 		 440 aa  806    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  82.46 
 
 		 439 aa  778    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  85.62 
 
 		 440 aa  808    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  84.28 
 
 		 439 aa  794    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  85.39 
 
 		 440 aa  806    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  68.74 
 
 		 438 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2303  xylose isomerase  68.28 
 
 		 438 aa  627  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.618327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  66.51 
 
 		 440 aa  614  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  63.13 
 
 		 435 aa  583  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  63.13 
 
 		 436 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  62.44 
 
 		 436 aa  575  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  61.29 
 
 		 436 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  61.98 
 
 		 435 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  61.98 
 
 		 436 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  61.75 
 
 		 435 aa  569  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  61.52 
 
 		 435 aa  568  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  59.91 
 
 		 436 aa  557  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  59.3 
 
 		 436 aa  553  1e-156  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0757  xylose isomerase  60.83 
 
 		 437 aa  550  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  58.99 
 
 		 440 aa  545  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  59.04 
 
 		 434 aa  538  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  59.04 
 
 		 433 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  60.18 
 
 		 433 aa  534  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  59.95 
 
 		 433 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  60.31 
 
 		 399 aa  506  9.999999999999999e-143  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  53.2 
 
 		 438 aa  496  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  52.28 
 
 		 439 aa  496  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  52.97 
 
 		 444 aa  490  1e-137  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  52.05 
 
 		 439 aa  488  1e-137  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  52.29 
 
 		 438 aa  485  1e-136  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  50.92 
 
 		 438 aa  481  1e-134  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1604  xylose isomerase  53 
 
 		 442 aa  480  1e-134  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  53.44 
 
 		 442 aa  479  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  51.72 
 
 		 444 aa  476  1e-133  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  50.91 
 
 		 441 aa  475  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  51.72 
 
 		 444 aa  478  1e-133  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  50.57 
 
 		 437 aa  471  1.0000000000000001e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00110  xylose isomerase  50.46 
 
 		 445 aa  462  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03848  xylose isomerase  50.46 
 
 		 445 aa  462  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3039  xylose isomerase  50 
 
 		 440 aa  461  1e-129  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2001  xylose isomerase  50.46 
 
 		 441 aa  451  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4384  xylose isomerase  51.49 
 
 		 446 aa  447  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0452947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2504  xylose isomerase  48.85 
 
 		 443 aa  446  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.149653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  48.4 
 
 		 438 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  50 
 
 		 443 aa  445  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4723  xylose isomerase  51.38 
 
 		 442 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  49.54 
 
 		 445 aa  442  1e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  50 
 
 		 438 aa  442  1e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  49.21 
 
 		 445 aa  441  1e-123  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  49.54 
 
 		 445 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  46.12 
 
 		 448 aa  411  1e-113  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  42.24 
 
 		 449 aa  377  1e-103  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  47.65 
 
 		 389 aa  333  4e-90  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  26.65 
 
 		 389 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  27.63 
 
 		 390 aa  108  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  27.91 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  29.11 
 
 		 395 aa  103  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  28.74 
 
 		 382 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  28.74 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  29.6 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  29.69 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  26.87 
 
 		 385 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  26.9 
 
 		 381 aa  100  6e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  29.3 
 
 		 396 aa  99.8  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  29.15 
 
 		 386 aa  95.1  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  27.93 
 
 		 403 aa  94.7  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  25.44 
 
 		 387 aa  94  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  26.49 
 
 		 392 aa  93.6  6e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  28.28 
 
 		 395 aa  93.6  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>