More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0038 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  76.46 
 
 		 1015 aa  1334    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  83.96 
 
 		 1016 aa  1454    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2173  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.68 
 
 		 803 aa  1332    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.309024  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.96 
 
 		 1016 aa  1455    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.44 
 
 		 1012 aa  662    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.9 
 
 		 1003 aa  665    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.15 
 
 		 1015 aa  1221    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  47.67 
 
 		 1010 aa  753    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.06 
 
 		 1066 aa  1127    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4085  formate dehydrogenase alpha subunit  87.31 
 
 		 804 aa  1488    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0105  formate dehydrogenase, alpha subunit  61.52 
 
 		 794 aa  1051    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3544  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.06 
 
 		 810 aa  1135    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287091  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0101  selenium-containing formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit  60.02 
 
 		 1004 aa  1031    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2267  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.28 
 
 		 802 aa  750    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6560  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.73 
 
 		 809 aa  1135    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22445  normal  0.0150185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  76.34 
 
 		 1015 aa  1331    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.7 
 
 		 1005 aa  696    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0532  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.57 
 
 		 809 aa  1113    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.170319  normal  0.968416 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.33 
 
 		 1008 aa  692    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1818  formate dehydrogenase alpha subunit  67.08 
 
 		 820 aa  1164    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.266188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0544  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.69 
 
 		 809 aa  1117    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0932731 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1575  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.07 
 
 		 842 aa  709    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0730  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.8 
 
 		 822 aa  1144    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.58 
 
 		 1028 aa  1110    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2698  formate dehydrogenase alpha subunit  62.18 
 
 		 820 aa  1071    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0271863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2100  formate dehydrogenase alpha subunit  64.77 
 
 		 822 aa  1128    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  47.54 
 
 		 1010 aa  754    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0717  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  45.45 
 
 		 798 aa  700    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0813  formate dehydrogenase alpha subunit  43.74 
 
 		 1014 aa  652    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3513  formate dehydrogenase alpha subunit  45.17 
 
 		 808 aa  697    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.24 
 
 		 1016 aa  1216    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3045  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.4 
 
 		 1015 aa  1215    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  65.93 
 
 		 1023 aa  1145    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.53 
 
 		 1015 aa  1201    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.08 
 
 		 1059 aa  712    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3754  formate dehydrogenase alpha subunit  64.2 
 
 		 828 aa  1124    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1334  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.58 
 
 		 840 aa  672    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  100 
 
 		 1015 aa  1677    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.1 
 
 		 1012 aa  745    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2396  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  65.8 
 
 		 822 aa  1144    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4518  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.57 
 
 		 810 aa  1130    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1092  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.65 
 
 		 811 aa  1026    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525887 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3490  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.77 
 
 		 808 aa  1072    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.657613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3879  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.69 
 
 		 810 aa  1130    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.319379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2553  formate dehydrogenase alpha subunit  64.6 
 
 		 821 aa  1139    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  100 
 
 		 1015 aa  1677    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.78 
 
 		 1010 aa  742    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03810  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.43 
 
 		 1018 aa  1222    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0283  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.99 
 
 		 803 aa  697    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.105016  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.58 
 
 		 1028 aa  1108    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0662  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.18 
 
 		 812 aa  1023    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.457174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2591  Formate dehydrogenase  41.57 
 
 		 780 aa  646    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4382  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  64.94 
 
 		 822 aa  1134    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.53 
 
 		 1012 aa  642    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1427  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.61 
 
 		 1016 aa  1226    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.50627  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1899  formate dehydrogenase alpha subunit  66.11 
 
 		 478 aa  673    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.275577  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0084  formate dehydrogenase, alpha subunit  90.04 
 
 		 803 aa  1545    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0102  formate dehydrogenase alpha subunit  60.27 
 
 		 794 aa  1033    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1114  formate dehydrogenase  41.84 
 
 		 811 aa  639    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  76.34 
 
 		 1015 aa  1331    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  83.96 
 
 		 1016 aa  1454    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0097  formate dehydrogenase alpha subunit  60.15 
 
 		 794 aa  1031    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2054  formate dehydrogenase alpha subunit  75.94 
 
 		 803 aa  1322    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4597  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.56 
 
 		 810 aa  1137    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654701  normal  0.94372 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  83.83 
 
 		 1016 aa  1454    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3261  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.32 
 
 		 1022 aa  1061    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.77 
 
 		 1005 aa  693    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1580  formate dehydrogenase  45.05 
 
 		 808 aa  689    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0099  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  61.64 
 
 		 1004 aa  1056    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.37 
 
 		 1061 aa  717    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0799  formate dehydrogenase  41.83 
 
 		 851 aa  644    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1692  formate dehydrogenase-O, major subunit  66.11 
 
 		 478 aa  673    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1286  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.53 
 
 		 1015 aa  1222    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.34 
 
 		 1015 aa  1333    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3377  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.57 
 
 		 822 aa  1130    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365346  normal  0.791414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  68.02 
 
 		 1026 aa  1167    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3984  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.94 
 
 		 822 aa  1134    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.3 
 
 		 1013 aa  650    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.65 
 
 		 1010 aa  675    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.26 
 
 		 1011 aa  693    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0036  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.49 
 
 		 804 aa  740    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0129417  normal  0.222699 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1274  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.76 
 
 		 816 aa  752    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0038  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 		 803 aa  1672    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3325  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.35 
 
 		 1023 aa  1116    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.723924 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2259  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  65.8 
 
 		 1023 aa  1148    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181302  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0523  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.94 
 
 		 821 aa  1120    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3510  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.42 
 
 		 1015 aa  739    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2089  formate dehydrogenase alpha subunit  60.45 
 
 		 1005 aa  1033    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000081067 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.17 
 
 		 1014 aa  695    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0438  formate dehydrogenase, alpha subunit  61.32 
 
 		 796 aa  1054    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1655  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  76.43 
 
 		 803 aa  1329    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  61.52 
 
 		 1004 aa  1055    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1750  formate dehydrogenase alpha subunit  68.49 
 
 		 1016 aa  1207    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182445 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2829  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.2 
 
 		 820 aa  1043    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.500302  normal  0.743867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5531  formate dehydrogenase subunit alpha  67.9 
 
 		 825 aa  1163    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.41 
 
 		 1009 aa  755    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2863  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.35 
 
 		 824 aa  1048    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.202456  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2008  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.06 
 
 		 824 aa  1127    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.715291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  83.96 
 
 		 1016 aa  1454    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21840  uncharacterized anaerobic dehydrogenase  41.8 
 
 		 835 aa  627  1e-178  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0800968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>