More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0008 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  99.69 
 
 		 320 aa  645    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  100 
 
 		 320 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  99.38 
 
 		 320 aa  643    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0037  hypothetical protein  73.27 
 
 		 322 aa  441  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2674  hypothetical protein  59.62 
 
 		 325 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2525  hypothetical protein  59.31 
 
 		 333 aa  351  8e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0335353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3191  hypothetical protein  59.31 
 
 		 350 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  52.96 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  46.02 
 
 		 321 aa  258  8e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  44.19 
 
 		 321 aa  248  7e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  42.38 
 
 		 405 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.01 
 
 		 403 aa  212  5.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  43.87 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  43.87 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  40 
 
 		 403 aa  208  8e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  36.81 
 
 		 402 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000638  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme beta subunit  39.94 
 
 		 324 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  40.73 
 
 		 402 aa  204  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  38.99 
 
 		 403 aa  203  3e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  40 
 
 		 520 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.48 
 
 		 402 aa  202  8e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.89 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.91 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  40.07 
 
 		 400 aa  200  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  37.99 
 
 		 400 aa  199  5e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  38.98 
 
 		 408 aa  199  5e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  38.39 
 
 		 402 aa  199  7e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  43.14 
 
 		 358 aa  197  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  40.13 
 
 		 400 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.25 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.22 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  38.69 
 
 		 402 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.39 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  40.06 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  38.91 
 
 		 507 aa  194  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  36.93 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.57 
 
 		 403 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  38.69 
 
 		 399 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  38.64 
 
 		 402 aa  190  2e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  38.67 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  38.67 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  38.85 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  38.85 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  37.46 
 
 		 329 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31840  threonine dehydratase  42.11 
 
 		 401 aa  189  5.999999999999999e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.67382 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  36.72 
 
 		 403 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  36.39 
 
 		 403 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.83 
 
 		 320 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39224  predicted protein  39.84 
 
 		 510 aa  188  1e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0161526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.77 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  39.74 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  38.51 
 
 		 506 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  38.51 
 
 		 506 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.17 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  37.42 
 
 		 402 aa  187  3e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  38.83 
 
 		 323 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  37.29 
 
 		 503 aa  187  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.5 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  38.03 
 
 		 401 aa  186  5e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  37.54 
 
 		 402 aa  186  5e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  38.83 
 
 		 509 aa  186  6e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  39.73 
 
 		 509 aa  185  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  39.41 
 
 		 403 aa  185  9e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  41.3 
 
 		 412 aa  185  9e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  40.63 
 
 		 418 aa  185  9e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  37.97 
 
 		 515 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.92 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2906  threonine dehydratase  39.35 
 
 		 333 aa  183  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.161392 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  37.01 
 
 		 403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6650  threonine dehydratase  39 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.987033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  34.31 
 
 		 403 aa  182  5.0000000000000004e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  41.24 
 
 		 414 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.7 
 
 		 325 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.24 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  37.29 
 
 		 504 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  37.29 
 
 		 504 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  39.61 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  36.6 
 
 		 408 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4140  threonine dehydratase  40.75 
 
 		 408 aa  182  9.000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2424  threonine dehydratase  39.03 
 
 		 333 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  39.66 
 
 		 423 aa  182  9.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2486  threonine dehydratase  38.71 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2260  threonine dehydratase  38.71 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00014617  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2218  threonine dehydratase  39.03 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2565  threonine dehydratase  39.03 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0373564  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0056  threonine dehydratase  37.78 
 
 		 344 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.595  hitchhiker  0.00751641 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  38.41 
 
 		 531 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.81 
 
 		 321 aa  180  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  38.05 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2297  threonine dehydratase  38.71 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.35 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2469  threonine dehydratase  38.71 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  37.92 
 
 		 501 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  36.43 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.79 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  35.55 
 
 		 404 aa  180  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  33.33 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  33.33 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  33.33 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4419  threonine dehydratase  42.52 
 
 		 403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>