More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0032 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0055  tRNA-Lys  95.65 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.429653  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00676578  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna28  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.751931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01680  tRNA-Lys  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0847408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0072  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18023  normal  0.42489 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000438766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna118  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000544354  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02962  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0002  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24780  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190914  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000949911  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0049  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.858771  hitchhiker  0.000592487 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0014  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.647386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>