299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0023 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60510  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25765  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60530  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0046  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0265781  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0018  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.916069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0021  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.656534 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0079  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000189125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2459  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0103  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000350392  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  88.16 
 
 		 147 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0100  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335947  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0059  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0088  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415947  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0091  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000846369  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>