102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_2268 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  100 
 
 		 457 aa  940    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  57.26 
 
 		 474 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  45.98 
 
 		 444 aa  336  3.9999999999999995e-91  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  37.65 
 
 		 458 aa  243  7e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  33.47 
 
 		 474 aa  228  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  52.02 
 
 		 413 aa  212  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  28.87 
 
 		 461 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  27.47 
 
 		 463 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  27.74 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.43 
 
 		 422 aa  143  6e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  25.75 
 
 		 432 aa  143  7e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.94 
 
 		 461 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 		 429 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  26.84 
 
 		 437 aa  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  28.11 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.96 
 
 		 453 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  32.54 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  27.51 
 
 		 439 aa  123  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.73 
 
 		 445 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  30.13 
 
 		 436 aa  121  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.73 
 
 		 456 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 		 448 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.26 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  27.09 
 
 		 431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.08 
 
 		 456 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  29.43 
 
 		 477 aa  114  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  29.66 
 
 		 448 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.97 
 
 		 416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  24.53 
 
 		 441 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  35.53 
 
 		 429 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.65 
 
 		 473 aa  109  8.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  25.94 
 
 		 438 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  21.95 
 
 		 462 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  23.94 
 
 		 425 aa  103  6e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 439 aa  103  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  31.47 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  22.15 
 
 		 453 aa  101  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.2 
 
 		 441 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.82 
 
 		 428 aa  101  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.41 
 
 		 427 aa  100  8e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  24.24 
 
 		 457 aa  97.4  5e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.67 
 
 		 443 aa  97.4  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  30.3 
 
 		 407 aa  96.7  9e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  26.06 
 
 		 458 aa  96.3  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  24.89 
 
 		 451 aa  92.8  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.05 
 
 		 462 aa  92  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 447 aa  91.3  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.87 
 
 		 442 aa  90.5  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 		 395 aa  88.2  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  22.95 
 
 		 422 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 		 422 aa  82.8  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  25.86 
 
 		 429 aa  82  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.46 
 
 		 433 aa  80.9  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.43 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  27.2 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.37 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  26.27 
 
 		 454 aa  71.2  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 		 394 aa  71.2  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 511 aa  70.5  0.00000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  21.2 
 
 		 401 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  31.54 
 
 		 398 aa  68.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.42 
 
 		 442 aa  67.4  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 403 aa  67.4  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 403 aa  67.4  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  31.54 
 
 		 430 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  23.26 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  28.82 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  23.26 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  30.28 
 
 		 405 aa  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  32.09 
 
 		 571 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  25.87 
 
 		 418 aa  62  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.21 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  29.75 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 418 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  32.23 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  29.06 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  27.41 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.86 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 		 434 aa  56.2  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.67 
 
 		 423 aa  56.2  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  32 
 
 		 444 aa  54.3  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  22.7 
 
 		 407 aa  53.9  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  25 
 
 		 394 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  25.76 
 
 		 141 aa  53.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  25.16 
 
 		 394 aa  51.2  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.3 
 
 		 386 aa  48.9  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  27.15 
 
 		 159 aa  48.5  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  22.17 
 
 		 453 aa  47.4  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  28.28 
 
 		 233 aa  47  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.5 
 
 		 417 aa  46.2  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  28.12 
 
 		 799 aa  45.8  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  21.32 
 
 		 385 aa  45.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.17 
 
 		 444 aa  45.1  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.77 
 
 		 439 aa  43.9  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  21.47 
 
 		 382 aa  43.9  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 		 426 aa  43.5  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>