More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene XfasM23_1856 on replicon NC_010577
Organism: Xylella fastidiosa M23



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  98.17 
 
 
331 aa  643  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
327 aa  655  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  77.36 
 
 
333 aa  489  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  72.92 
 
 
329 aa  483  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  56.01 
 
 
325 aa  344  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  58.36 
 
 
313 aa  344  1e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.9 
 
 
326 aa  343  3e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  52.85 
 
 
325 aa  343  3e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  52.85 
 
 
325 aa  343  3e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  53.97 
 
 
325 aa  341  8e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  56.11 
 
 
340 aa  341  9e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.58 
 
 
326 aa  341  9e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.64381e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  55.19 
 
 
326 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  55.19 
 
 
326 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  55.19 
 
 
326 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  55.19 
 
 
326 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.25 
 
 
326 aa  340  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  2.84548e-07 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  50.94 
 
 
327 aa  340  2e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.57398e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  54.25 
 
 
326 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  54.25 
 
 
326 aa  340  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  55.19 
 
 
326 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  54.25 
 
 
326 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.25 
 
 
326 aa  340  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.25368e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  54.09 
 
 
325 aa  338  5e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.25 
 
 
326 aa  338  5e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.52 
 
 
325 aa  338  9e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.58 
 
 
326 aa  338  1e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  53.92 
 
 
326 aa  337  1e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  59.42 
 
 
319 aa  337  2e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  53.16 
 
 
325 aa  336  3e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  52.53 
 
 
325 aa  335  6e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.15 
 
 
327 aa  335  8e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  55.1 
 
 
315 aa  334  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  52.22 
 
 
325 aa  334  1e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  51.78 
 
 
352 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  51.27 
 
 
324 aa  332  4e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  53.05 
 
 
325 aa  332  4e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  52.52 
 
 
327 aa  332  6e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  52.96 
 
 
320 aa  332  7e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  51.46 
 
 
352 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  52.38 
 
 
324 aa  331  1e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.02 
 
 
320 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  52.34 
 
 
320 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.35219e-10 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.09 
 
 
324 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.92 
 
 
325 aa  329  4e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  53.11 
 
 
324 aa  328  6e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  53.42 
 
 
319 aa  328  6e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.43 
 
 
320 aa  328  8e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  51.46 
 
 
352 aa  327  2e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  54.49 
 
 
323 aa  327  2e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  54.15 
 
 
323 aa  327  2e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.75 
 
 
334 aa  326  3e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  52.43 
 
 
320 aa  326  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.09 
 
 
313 aa  325  5e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  53.9 
 
 
336 aa  323  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  53.67 
 
 
323 aa  322  5e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  53.49 
 
 
324 aa  319  4e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.83334e-06  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  47.28 
 
 
321 aa  318  6e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53 
 
 
323 aa  316  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53 
 
 
323 aa  316  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.5802e-07  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  51.32 
 
 
321 aa  316  3e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53 
 
 
323 aa  316  4e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.61033e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  51.83 
 
 
324 aa  315  7e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  46.96 
 
 
321 aa  315  7e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  52.67 
 
 
324 aa  314  1e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.46501e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  51.78 
 
 
322 aa  314  1e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  49.19 
 
 
327 aa  313  3e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  51.16 
 
 
324 aa  311  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  52.49 
 
 
323 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.39 
 
 
323 aa  310  2e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.39 
 
 
323 aa  308  6e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  52.49 
 
 
324 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.50012e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  52.49 
 
 
324 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.67118e-09  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  52.49 
 
 
324 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.17979e-06  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  52.49 
 
 
324 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.95395e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  50.8 
 
 
352 aa  306  3e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 
318 aa  298  7e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  54.07 
 
 
327 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  51.32 
 
 
318 aa  289  4e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.43 
 
 
319 aa  289  5e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.23 
 
 
318 aa  287  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  48.85 
 
 
310 aa  284  1e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0193  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.15 
 
 
319 aa  278  6e-74  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.341047  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.35 
 
 
356 aa  278  7e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.22 
 
 
321 aa  276  3e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.57 
 
 
402 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.78 
 
 
438 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  48.1 
 
 
405 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  49.05 
 
 
360 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  46.61 
 
 
402 aa  266  3e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  46.61 
 
 
402 aa  266  3e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  47.62 
 
 
407 aa  266  3e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  47.94 
 
 
400 aa  266  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  44.48 
 
 
396 aa  265  6e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 
400 aa  265  7e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 
403 aa  264  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  47.4 
 
 
431 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  48.73 
 
 
436 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  43.87 
 
 
420 aa  259  4e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.13 
 
 
391 aa  259  5e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>