More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0045 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  98 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0020  tRNA-OTHER  97.96 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0036  tRNA-Asp  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000395682  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0015  tRNA-Asp  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  97.83 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0043  tRNA-Asp  96 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0514  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.30376  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0511  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.304577  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000248488  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0027  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.76766  normal  0.328825 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0026  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.968227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0027  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.961867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00209721  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt20  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt20  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000866023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000102957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241383  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0054  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566349  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0054  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000552526  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0599  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>