291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0029 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  98.21 
 
 
77 bp  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  94.64 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0038  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0053  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6004  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105111  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0060  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.864941  normal  0.898441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0009  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.702831  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309161  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309086  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0005  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309117  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  85.71 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  85.71 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  84.51 
 
 
77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  85.71 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>