More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4475 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4277  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.94 
 
 
448 aa  677    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.696931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4382  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.25 
 
 
448 aa  671    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256577  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0566  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.18 
 
 
437 aa  643    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.87 
 
 
437 aa  649    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109581  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3910  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.71 
 
 
448 aa  676    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0803729 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.97 
 
 
441 aa  693    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2840  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.83 
 
 
441 aa  679    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2620  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.06 
 
 
441 aa  688    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364941  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2633  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.6 
 
 
441 aa  672    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359809  decreased coverage  0.0000423005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  100 
 
 
449 aa  913    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3226  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.86 
 
 
441 aa  684    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.262488  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2950  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.23 
 
 
441 aa  675    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0531  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.02 
 
 
438 aa  637    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2295  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  68.37 
 
 
449 aa  643    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  73.56 
 
 
448 aa  668    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5119  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75 
 
 
437 aa  675    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.492181  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.44 
 
 
441 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0891  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  67.51 
 
 
457 aa  595  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.142518 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.32 
 
 
440 aa  588  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  63.49 
 
 
479 aa  589  1e-167  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.68 
 
 
440 aa  588  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.95 
 
 
437 aa  585  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.45 
 
 
440 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.16 
 
 
453 aa  581  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.31 
 
 
467 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.31 
 
 
467 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.61 
 
 
463 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.18 
 
 
445 aa  581  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.52 
 
 
441 aa  580  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.29 
 
 
437 aa  578  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  62.64 
 
 
448 aa  580  1e-164  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.06 
 
 
440 aa  579  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  64.29 
 
 
441 aa  578  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.8 
 
 
442 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.49 
 
 
470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.91 
 
 
443 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.82 
 
 
441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.41 
 
 
443 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.82 
 
 
441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.82 
 
 
441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.64 
 
 
454 aa  575  1.0000000000000001e-163  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.07 
 
 
460 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.82 
 
 
441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.45 
 
 
443 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.22 
 
 
447 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  62.08 
 
 
446 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.17 
 
 
463 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.82 
 
 
441 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.19 
 
 
453 aa  568  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.52 
 
 
463 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  63.13 
 
 
443 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.69 
 
 
461 aa  568  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.95 
 
 
463 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.72 
 
 
453 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.95 
 
 
468 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.5 
 
 
453 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.28 
 
 
453 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.5 
 
 
453 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.72 
 
 
453 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.5 
 
 
453 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.95 
 
 
463 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.97 
 
 
453 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.52 
 
 
463 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.61 
 
 
452 aa  566  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  62.08 
 
 
443 aa  566  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  60.82 
 
 
453 aa  565  1e-160  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.52 
 
 
463 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.92 
 
 
461 aa  567  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.68 
 
 
473 aa  565  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.52 
 
 
463 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.94 
 
 
455 aa  565  1e-160  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.52 
 
 
463 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.74 
 
 
470 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.74 
 
 
453 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.85 
 
 
456 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2055  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.61 
 
 
466 aa  564  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235641 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1614  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.74 
 
 
471 aa  558  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0719193  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.65 
 
 
441 aa  560  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.68 
 
 
443 aa  555  1e-157  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2618  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.98 
 
 
456 aa  555  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0160517 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0926  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.15 
 
 
452 aa  557  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0740  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.14 
 
 
439 aa  552  1e-156  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0721  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.95 
 
 
435 aa  552  1e-156  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2010  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.9 
 
 
463 aa  553  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.75 
 
 
443 aa  545  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.57 
 
 
443 aa  545  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0649  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.61 
 
 
467 aa  542  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.576073 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0915  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.85 
 
 
452 aa  540  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.642339  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0718  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.21 
 
 
455 aa  541  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1975  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.29 
 
 
464 aa  535  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00113002  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.35 
 
 
531 aa  535  1e-151  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.04 
 
 
485 aa  531  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.96 
 
 
524 aa  533  1e-150  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>