More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3090 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  100 
 
 
255 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  49.6 
 
 
271 aa  237  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  51.45 
 
 
255 aa  235  5e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  51.04 
 
 
255 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  49.57 
 
 
270 aa  229  3e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  51.04 
 
 
255 aa  225  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  51.04 
 
 
253 aa  225  6e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  48.92 
 
 
267 aa  213  2e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  50.2 
 
 
254 aa  213  3e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  50.86 
 
 
272 aa  211  8e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  49.57 
 
 
271 aa  208  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  47.81 
 
 
236 aa  208  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  46.47 
 
 
262 aa  206  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  45.38 
 
 
258 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  45.8 
 
 
258 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  45.27 
 
 
264 aa  204  9e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  49.58 
 
 
258 aa  202  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  45.31 
 
 
262 aa  201  1e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  49.8 
 
 
269 aa  197  1e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  45.61 
 
 
258 aa  197  1e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  45.42 
 
 
268 aa  197  2e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  55.17 
 
 
264 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  53.65 
 
 
279 aa  184  1e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  46.25 
 
 
246 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  45.31 
 
 
262 aa  181  8e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  45.6 
 
 
270 aa  178  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  45.83 
 
 
248 aa  177  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  41.32 
 
 
251 aa  170  2e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  41.74 
 
 
255 aa  164  1e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  41.42 
 
 
243 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  40 
 
 
243 aa  147  2e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  39.83 
 
 
269 aa  147  2e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  40.85 
 
 
242 aa  147  2e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  43.96 
 
 
215 aa  147  2e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.57 
 
 
240 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  39.57 
 
 
259 aa  143  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  39.75 
 
 
242 aa  143  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  39.13 
 
 
240 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  41.96 
 
 
239 aa  141  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  41.04 
 
 
217 aa  141  9e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  40 
 
 
240 aa  140  2e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.76 
 
 
238 aa  139  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  40.91 
 
 
238 aa  139  4e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  41.3 
 
 
260 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  41.74 
 
 
239 aa  137  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  38.02 
 
 
245 aa  135  7e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  38.82 
 
 
244 aa  134  2e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  37.39 
 
 
229 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  28.45 
 
 
230 aa  132  4e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  38.57 
 
 
239 aa  132  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  40.09 
 
 
258 aa  128  8e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  37.55 
 
 
279 aa  128  1e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  36.86 
 
 
233 aa  124  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  31.86 
 
 
220 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.9712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  36.21 
 
 
251 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  32.92 
 
 
234 aa  121  9e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  29.31 
 
 
230 aa  120  2e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  34.32 
 
 
233 aa  120  3e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  35.17 
 
 
233 aa  119  4e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  32.79 
 
 
245 aa  119  5e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  35.08 
 
 
247 aa  119  5e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  33.47 
 
 
247 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  2.28235e-09  hitchhiker  2.30998e-07 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  32.92 
 
 
234 aa  118  8e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.2 
 
 
227 aa  117  2e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  25.91 
 
 
270 aa  116  3e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.86 
 
 
215 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  28.57 
 
 
245 aa  114  1e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  38.49 
 
 
262 aa  114  2e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  38.43 
 
 
230 aa  114  2e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0877  phosphoribosyltransferase  34.8 
 
 
232 aa  113  4e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  35.87 
 
 
233 aa  113  4e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  37.28 
 
 
228 aa  111  1e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  39.57 
 
 
242 aa  110  2e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  36.69 
 
 
231 aa  109  4e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  38.11 
 
 
245 aa  109  4e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  35.9 
 
 
223 aa  109  4e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  2.98653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  41.52 
 
 
243 aa  108  7e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  40 
 
 
213 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  39.83 
 
 
242 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  34.96 
 
 
243 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  41.14 
 
 
243 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  41.38 
 
 
227 aa  106  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  34.64 
 
 
239 aa  105  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1679  phosphoribosyltransferase  31.05 
 
 
231 aa  105  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  35.24 
 
 
230 aa  105  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  35.71 
 
 
237 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.95242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  33.86 
 
 
256 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2183  phosphoribosyltransferase  34.48 
 
 
230 aa  104  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  7.15358e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  35.35 
 
 
247 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  30.47 
 
 
236 aa  104  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  32.07 
 
 
226 aa  104  2e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  31.25 
 
 
296 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  36.96 
 
 
241 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0200  competence protein  33.33 
 
 
269 aa  103  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1812  phosphoribosyltransferase  25.4 
 
 
245 aa  102  5e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  28.44 
 
 
232 aa  102  6e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  33.76 
 
 
232 aa  102  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  32.09 
 
 
239 aa  101  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  34.93 
 
 
245 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  35.5 
 
 
246 aa  101  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>