More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3040 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 
149 aa  308  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0536  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.75 
 
 
143 aa  144  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.315603  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  46.56 
 
 
147 aa  133  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.45 
 
 
146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.09 
 
 
150 aa  130  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  48.09 
 
 
172 aa  130  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0930  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.28 
 
 
150 aa  127  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.89 
 
 
160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  49.62 
 
 
157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.85 
 
 
159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.62 
 
 
157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  45.52 
 
 
150 aa  124  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.46 
 
 
159 aa  124  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.33 
 
 
156 aa  124  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.26 
 
 
147 aa  123  7e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.12 
 
 
166 aa  123  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.48 
 
 
146 aa  123  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.01 
 
 
163 aa  122  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  48.15 
 
 
175 aa  123  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.13 
 
 
166 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.48 
 
 
166 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.86 
 
 
145 aa  121  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.55 
 
 
150 aa  120  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.66 
 
 
152 aa  120  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.18 
 
 
147 aa  120  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.12 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.87 
 
 
166 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.69 
 
 
147 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  40.44 
 
 
141 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  40.44 
 
 
141 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  40.44 
 
 
141 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.66 
 
 
140 aa  118  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.38 
 
 
163 aa  118  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  43.26 
 
 
144 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.48 
 
 
161 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.37 
 
 
172 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1131  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.78 
 
 
144 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2888  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.78 
 
 
144 aa  117  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1534  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.78 
 
 
144 aa  117  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353948  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1660  transcriptional regulator  42.57 
 
 
150 aa  116  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278304 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  44.93 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.62 
 
 
171 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.62 
 
 
171 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0389  iron-responsive transcriptional regulator  46.21 
 
 
160 aa  115  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00187363  normal  0.229909 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00085  YhdE (NsrR)  40 
 
 
150 aa  115  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.62 
 
 
171 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0421  iron-responsive transcriptional regulator  46.21 
 
 
160 aa  115  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531604  hitchhiker  0.00267682 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  39.71 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  39.71 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.62 
 
 
172 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.55 
 
 
145 aa  114  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.55 
 
 
145 aa  114  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.69 
 
 
147 aa  114  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  44.53 
 
 
164 aa  114  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  39.26 
 
 
141 aa  114  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  45.04 
 
 
165 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  45.04 
 
 
162 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  45.04 
 
 
162 aa  114  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  45.04 
 
 
162 aa  114  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.38 
 
 
156 aa  114  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  45.04 
 
 
162 aa  114  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.27 
 
 
175 aa  113  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.93 
 
 
142 aa  114  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.97 
 
 
141 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  38.97 
 
 
141 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0854  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.33 
 
 
151 aa  113  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0962468 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  41.5 
 
 
154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  38.97 
 
 
141 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  38.97 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  44.27 
 
 
162 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  44.27 
 
 
162 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  38.24 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3792  transcriptional repressor NsrR  38.52 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  38.52 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.26 
 
 
146 aa  111  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0528  iron-responsive transcriptional regulator  43.51 
 
 
153 aa  110  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  44.27 
 
 
153 aa  110  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0562  iron-responsive transcriptional regulator  43.51 
 
 
153 aa  110  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23721  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.94 
 
 
168 aa  110  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1378  Rrf2 family protein  48.87 
 
 
165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  36.92 
 
 
143 aa  110  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2390  transcriptional regulator  48.87 
 
 
165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1868  Rrf2 family protein  48.87 
 
 
165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1140  putative transcriptional regulator  48.87 
 
 
165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155582  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2225  Rrf2 family protein  48.87 
 
 
165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.543242  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2263  putative transcriptional regulator  48.87 
 
 
165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.845273  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0028  Rrf2 family protein  48.87 
 
 
165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.62183  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.36 
 
 
151 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.36 
 
 
151 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.36 
 
 
151 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.36 
 
 
151 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.88 
 
 
149 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.24 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  38.24 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  38.52 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  38.24 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  38.24 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  44.27 
 
 
153 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  38.24 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.74 
 
 
145 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>