147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2995 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  100 
 
 
418 aa  818    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  86.22 
 
 
421 aa  712    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  74.88 
 
 
414 aa  588  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  72.99 
 
 
411 aa  563  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  75.8 
 
 
415 aa  546  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  71.93 
 
 
401 aa  540  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  70.3 
 
 
401 aa  531  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  69.79 
 
 
394 aa  501  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  69.79 
 
 
394 aa  501  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  70.31 
 
 
399 aa  499  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  69.85 
 
 
399 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  66.5 
 
 
396 aa  495  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  67.81 
 
 
383 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  61.12 
 
 
402 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  63.09 
 
 
391 aa  456  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  60.88 
 
 
400 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  64.92 
 
 
388 aa  451  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  66.15 
 
 
375 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  60.99 
 
 
411 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  62.57 
 
 
388 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  59.29 
 
 
402 aa  432  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  62.96 
 
 
400 aa  430  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  59.24 
 
 
402 aa  431  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  64.06 
 
 
373 aa  428  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  58.18 
 
 
405 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  61.92 
 
 
335 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  54.41 
 
 
398 aa  362  5.0000000000000005e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  53.87 
 
 
392 aa  360  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  53.23 
 
 
430 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  56.88 
 
 
386 aa  354  1e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  55.07 
 
 
400 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  49 
 
 
397 aa  316  6e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  49.87 
 
 
393 aa  315  9e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  44.86 
 
 
424 aa  288  9e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  43.97 
 
 
423 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  44.53 
 
 
427 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  45.26 
 
 
384 aa  283  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  44 
 
 
423 aa  283  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  44.23 
 
 
422 aa  282  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  44.7 
 
 
420 aa  282  9e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  43.56 
 
 
423 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  44.97 
 
 
422 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  41.57 
 
 
431 aa  280  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  42.2 
 
 
425 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  43.95 
 
 
424 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  43.89 
 
 
426 aa  277  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  43.49 
 
 
427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  42.86 
 
 
425 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  43.22 
 
 
423 aa  271  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  43.39 
 
 
427 aa  270  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  42.51 
 
 
399 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  39.07 
 
 
439 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  42.49 
 
 
395 aa  239  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  41.5 
 
 
412 aa  236  7e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  40.53 
 
 
379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  39.51 
 
 
428 aa  201  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  50 
 
 
418 aa  195  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  35.06 
 
 
410 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  51.05 
 
 
408 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  41.74 
 
 
433 aa  189  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  39.39 
 
 
426 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  38.58 
 
 
437 aa  179  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  39.29 
 
 
430 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  40.91 
 
 
431 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  44.78 
 
 
428 aa  172  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  39.73 
 
 
437 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  42.13 
 
 
473 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  42.13 
 
 
473 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  42.13 
 
 
472 aa  168  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  41 
 
 
459 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  39.07 
 
 
466 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  38.81 
 
 
445 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  42.94 
 
 
190 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  40.64 
 
 
439 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  36.09 
 
 
490 aa  142  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  35.41 
 
 
465 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  35.02 
 
 
467 aa  133  5e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  39.27 
 
 
422 aa  124  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  33.79 
 
 
403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  33.79 
 
 
403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  37.04 
 
 
414 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  35.29 
 
 
446 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  34.09 
 
 
363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  35.09 
 
 
432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  32.88 
 
 
425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  37.24 
 
 
483 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  37.37 
 
 
486 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3109  resolvase  70.89 
 
 
377 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  35.62 
 
 
363 aa  107  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  38.34 
 
 
469 aa  107  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  31.94 
 
 
444 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 
459 aa  104  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  37.7 
 
 
406 aa  103  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  32.58 
 
 
447 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  35.29 
 
 
447 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  35.87 
 
 
403 aa  102  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  32.98 
 
 
459 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  35.87 
 
 
390 aa  100  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  34.03 
 
 
459 aa  100  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  34.36 
 
 
402 aa  99.8  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>