More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2377 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  43.91 
 
 
928 aa  718    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  43.91 
 
 
928 aa  718    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  43.91 
 
 
928 aa  718    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  41.54 
 
 
934 aa  666    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  41.33 
 
 
915 aa  665    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  61.04 
 
 
1047 aa  1217    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  53.82 
 
 
932 aa  979    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  40.36 
 
 
941 aa  649    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  41.79 
 
 
930 aa  683    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  41.52 
 
 
930 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  41.58 
 
 
946 aa  662    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  40.95 
 
 
921 aa  641    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  42.16 
 
 
923 aa  683    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  40.72 
 
 
921 aa  654    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  62.4 
 
 
979 aa  1231    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  40.82 
 
 
935 aa  655    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  41.02 
 
 
933 aa  657    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  40.44 
 
 
922 aa  652    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  41.83 
 
 
923 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  42.66 
 
 
937 aa  687    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  39.43 
 
 
896 aa  649    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4827  DNA polymerase I  41.86 
 
 
917 aa  638    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00421235  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  57.7 
 
 
973 aa  1066    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  40.1 
 
 
956 aa  646    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  39.92 
 
 
918 aa  644    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  62.46 
 
 
978 aa  1235    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  42.45 
 
 
941 aa  676    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  61.19 
 
 
1060 aa  1233    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2453  DNA polymerase I  40.38 
 
 
907 aa  638    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  62.11 
 
 
1010 aa  1205    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  49.2 
 
 
941 aa  876    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  41.83 
 
 
923 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  65.79 
 
 
1043 aa  1316    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  39.98 
 
 
935 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  55.2 
 
 
937 aa  1018    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  41.33 
 
 
915 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  40.42 
 
 
915 aa  635    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  43.91 
 
 
928 aa  718    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  41.33 
 
 
915 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  40.88 
 
 
947 aa  652    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  60.99 
 
 
1016 aa  1192    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  44.01 
 
 
928 aa  722    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  39.8 
 
 
939 aa  686    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  41.49 
 
 
934 aa  698    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  41.32 
 
 
931 aa  664    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  60.22 
 
 
1004 aa  1189    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  61.08 
 
 
979 aa  1186    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  39.23 
 
 
905 aa  641    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  52.55 
 
 
924 aa  893    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  55.3 
 
 
937 aa  1018    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  41.63 
 
 
926 aa  656    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  56.56 
 
 
968 aa  1125    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  61.41 
 
 
1032 aa  1205    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  50.1 
 
 
945 aa  873    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  41.24 
 
 
915 aa  662    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  53.28 
 
 
929 aa  954    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  40.32 
 
 
957 aa  649    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  41.92 
 
 
926 aa  719    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  63.36 
 
 
1021 aa  1226    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  40.02 
 
 
910 aa  640    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  40.24 
 
 
944 aa  650    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  40.66 
 
 
916 aa  664    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  40.94 
 
 
921 aa  656    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  63.12 
 
 
1033 aa  1239    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  41.77 
 
 
928 aa  682    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  62.16 
 
 
1014 aa  1181    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  39.62 
 
 
988 aa  640    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  100 
 
 
1000 aa  2037    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  43.71 
 
 
928 aa  714    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  62.73 
 
 
1020 aa  1187    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  53.53 
 
 
935 aa  994    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  48.55 
 
 
937 aa  826    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1062  DNA polymerase I  42.67 
 
 
934 aa  681    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  39.45 
 
 
928 aa  673    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  60.87 
 
 
978 aa  1215    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  41.32 
 
 
945 aa  660    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  62.53 
 
 
976 aa  1229    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  41.84 
 
 
932 aa  692    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  40 
 
 
951 aa  699    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  40.34 
 
 
922 aa  648    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  40.14 
 
 
922 aa  644    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  41.84 
 
 
932 aa  692    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  41.95 
 
 
937 aa  677    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  42.59 
 
 
943 aa  686    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  53.9 
 
 
928 aa  1018    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3243  DNA polymerase I  41.67 
 
 
917 aa  639    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0154529 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  41.84 
 
 
932 aa  692    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  40.44 
 
 
922 aa  643    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  40.86 
 
 
936 aa  651    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  41.83 
 
 
923 aa  657    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3769  DNA polymerase I  41.48 
 
 
917 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.662383  hitchhiker  0.00614094 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  41.7 
 
 
927 aa  658    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  41.75 
 
 
942 aa  671    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  55.3 
 
 
937 aa  1026    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  42.77 
 
 
911 aa  726    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  40.54 
 
 
922 aa  649    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  53.48 
 
 
940 aa  961    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  41.52 
 
 
930 aa  678    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  43.91 
 
 
928 aa  718    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0536  DNA polymerase I  39.66 
 
 
946 aa  636    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>